اختلف أعضاء مجلس النواب حول ضم الصناديق الخاصة إلى الموازنة العامة للدولة، وذلك مع تزايد المطالبات من قِبل ائتلاف دعم مصر وعدد من النواب ووزارة المالية. وقال ياسر عمر، وكيل لجنة الخطة والموازنة، إنه لا يمكن ضم الصناديق الخاصة كلها مرة واحدة، ووزارة المالية تضم نسبة من الصناديق سنويا من أرباح الصناديق 10% وتصل إلى 15 % وهناك صناديق تمول مستشفيات أو جامعات وهناك بنود في الموازنة "تمويل ذاتي" يقصد بها الصناديق وبالتالي لابد من دراسة الأمر وضم كل الصناديق كلام عنتري صعب التنفيذ على ارض الواقع. وأضاف عمر أن الصناديق عليها رقابة قبل الصرف وبعد الصرف، ولكن يمكن ضم بعض الصناديق خاصة التي بها مخالفات. فيما طالب مصطفى سالم وكيل لجنة الخطة والموازنة بمجلس النواب بإلغاء الصناديق الخاصة من الأساس باعتبارها ابتعدت فى الواقع الفعلى عن الأهداف التى أنشأت من أجلها، لافتا إلى أنه تم استخدامها بشكل سيئ من قبل المسؤولين بالدولة القائمين عليها نتيجة عدم خضوع بعضها للرقابة المالية أو ضعف الرقابة عليها فضلا عن عدم وجود ضوابط قانونية واضحة تحكم عملية الإنفاق من هذه الصناديق. وأوضح سالم أنه يجب أن يتم حصر البنود التى يتم الإنفاق عليها من هذه الصناديق وزيادة الاعتمادات الخاصة بها فى الموازنة العامة للدولة حتى تتمكن الجهات الحكومية من تغطية الإنفاق على هذه البنود واستفادة الموازنة العامة للدولة من المبالغ والأرصدة المالية الموجودة فى الصناديق الخاصة والتى تقدر بمئات المليارات. وقال محمد ذكى السويدي، رئيس ائتلاف دعم مصر إنه يجب أن تقدم الحكومة بيانا بحجم أموال الصناديق للبرلمان وأن هناك استجابة من الحكومة حول هذا الأمر، موضحا أن ائتلاف دعم مصر سيعقد اجتماعًا مع النواب ذوى الخبرة فى هذا الشأن لتبادل الآراء والمعلومات حول الصناديق الخاصة، وأن الائتلاف سيدرس الآليات خلال المكتب الفني برئاسة الدكتور حسين عيسى رئيس لجنة الخطة والموازنة. ومن جانبه قال أشرف عمارة، عضو مجلس النواب، إن الصناديق الخاصة وحساباتها تنقسم إلى حسابات شرعية وعددها 5.729 حسابًا في البنك المركزي المصري منها 208 حسابات خاصة ل"هيئات اقتصادية" مقدر لها أن تجمع حوالي 5 مليارات دولار عبارة عن إيرادات تتضمن عائدات قناة السويس وقطاع البترول و 201 حسابًا خاصًا للأجهزة الإدارية للدولة، من المقدر لها أن تجمع حوالي 880 مليون دولار في صورة أنشطة ائتمانية، وتتكون الأجهزة الإدارية للدولة من العشرات من الكيانات الإدارية الصغيرة، تتضمن هيئة الرقابة الإدارية، وهيئة مكافحة الفساد، والمؤسسات البيروقراطية و 820 حسابًا خاصًا تحتوي على مبالغ مالية تقدر قيمتها بأكثر من مليار دولار، مكونة من عملات دولية مختلفة. وأوضح عمارة أن هناك حسابات غير شرعية: وهي حوالي 644 حسابًا خاصًا في بنوك حكومية منها 242 حسابًا في البنك الوطني المصري، و229 حسابًا في بنك مصر، و88 حسابًا في بنك القاهرة، و85 حسابًا في بنك الاستثمار الوطني. وأضاف عمارة أن هناك فساد كبير الفساد في حصيلة الصناديق الخاصة حيث بلغت حصيلة الصناديق الخاصة 14.1 مليار دولار في بداية السنة المالية 2010/2011 بنهاية عهد الرئيس الأسبق محمد حسني مبارك ووصلت هذه الحصيلة مبلغ 9.4 مليار دولار في بداية العام المالي 2012/2013، وفقًا لإحصاءات الجهاز المركزي للمحاسبات مع نهاية فترة حكم المجلس العسكري، بما يعني أن 4.7 مليار دولار من حصيلة هذه الصناديق قد فقدت.
وتابع عمارة: إن التقديرات التي وضعها البرلمان المصري السابق ووزارة المالية حول حجم الصناديق الخاص تراوحت ما بين 25 مليار جنيه (3.56 مليار دولار)، إلى 40 مليار جنيه (5.69 مليار دولار)، والتي تعد قريبة من الرصيد الكلي للصناديق الخاصة سواء في بداية أو نهاية العام المالي 2010/2011 (مع نهاية عهد مبارك)، هذه الأرقام تظهر الأرصدة النهائية التي تراكمت على مدى عدة عقود، ولكنها تتجاهل العائدات التي جمعت وأنفقت من الأموال على مدار السنة، وهي مؤشر أكثر دقة على حجم الصناديق الخاصة، وقدرتها على المساعدة وإيقاف عجز الميزانية الآخذ في الاتساع، والذي هو مبلغ الإيرادات السنوية لجمع الصناديق، والتي يمكن إدراجها وصرفها كجزء من ميزانية مصر وتطوير الدولة، أو صرفها أيضًا على مدفوعات فاسدة. وأوضح عمارة انه في يناير 2012، أصدر وزير المالية المصري مرسومًا يدعو أصحاب الصناديق الخاصة لتحويل ما يستطيعون من أموال بشكل شهري إلى ميزانية الدولة. في العام التالي، وأقر البرلمان المصري قانون الموازنة العامة، والذي دعا إلى تحويل 10% من الإيرادات الشهرية إلى الميزانية.