أثار قرار الكنيسة الأرثوذكسية، بالموافقة على مشروع قانون بناء الكنائس، موجة غضب بين قطاع كبير من الأقباط من مختلف الطوائف، مشيرينً إلي أن مشروع القانون يتعامل معهم على أنهم رعايا أجانب لدى الدولة وليسو مواطنين أصليين. ويأتي غضب الأقباط بعد ترحيب الكنائس الثلاث، بقيادة البابا تواضروس الثاني، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، بالقانون مؤكدًا في تصريحات له أن "القانون جيد والكنيسة راضية عنه، وليست لها تحفظات بشأنه". ويشمل القانون 8 مواد تنص على السماح ببناء وترميم وهدم الكنائس، وتحدد طرق التظلم من رفض قرارات الترخيص، وتحدد مدة زمنية تبلغ 4 شهور للمحافظين لإصدار التراخيص وتقنين وضع الكنائس والمباني الكنسية المقامة دون ترخيص قبل صدور هذا القانون. وأعلنت الكنيسة المصرية الأرثوذكسية، التوصل إلى صيغة توافقية مع الحكومة حول مشروع قانون بناء الكنائس"، الذي ثار حوله جدلا وتحذيرات مسيحية رسمية في الآونة الأخيرة. وفي بيان صادر عن المجمع المقدس (أعلي هيئة كنسية)، نشره "بولس حليم" المتحدث باسم الكنيسة المصرية عبر صفحته ب"فيسبوك"، بعد ساعات من انتهاء اجتماع المجمع مساء الأربعاء الماضي، أوضح فيه، أنه عقد جلسة بحضور 105 مطرانًا وأسقف من بين أعضائه البالغين 126 عضوًا، لمناقشة قانون بناء وترميم الكنائس، وتم التوافق مع ممثلي الكنائس المسيحية، والتوصل إلي صيغة توافقية مع ممثلي الحكومة، وتقديمه لمجلس النواب والذي وافق عليه. في المقابل، أطلق عدد من شباب الأقباط حملة لجمع التوقيعات تحت شعار "رفض" لرفض قانون بناء وترميم الكنائس. وحملت ورقة جمع التوقيعات عددًا من البنود المتحفظ عليها من قبل الأقباط، أبرزها تحديد سور حول الكنيسة في ظل عدم توافر المساحات في القرى الصغيرة. وأرجعوا رفضهم إلى أن القانون حدد ملحقات الكنيسة بأن جميعها داخل سور الكنيسة في ظل الاحتياج لبيوت خدمة خارج الكنيسة لصغر مساحتها. وأضافت الحملة، أنها ترفض القانون تحت مظلة القانون 119 لسنة 2008 الخاص بتنظيم البناء في حين أغلب مناطق القاهرة عشوائية وكل القرى والمدن بالأقاليم مبنية خارج القانون المشار إليه، متسائلين: "كيف يطبق على الكنائس حصرا"، فالقانون يضع عدد الأقباط معيارا للحاجة في بناء كنيسة وكان الأقباط رعايا دولة أجنبية وليسوا مواطنين. وقال مينا مجدي، المنسق العام ل "اتحاد شباب ماسبيرو"، إن "قانون بناء الكنائس المقدم من الدولة يكمل سلسلة اضطهاد الدولة للأقباط، لأنه يعطى المحافظين والأمن الحق في السيطرة على الأقباط". وأضاف: "كان من المفترض أن يتم طرح مشروع القانون ومشروعات القوانين المقدمة من أحزاب أخرى مثل "المصريين الأحرار"، و"الوفد" على الحوار المجتمعي"، موضحًا أن "المصريين في حاجة إلى قانون يساهم في نزع فتيل الأزمة الطائفية". بدورها، أكدت نادية هنري، عضو مجلس النواب، أن الحكومة تعنتت في رفضها تعديل المادة 2من مشروع قانون بناء الكنائس، مشددة على أن هذه المادة "مخالفة للدستور لما فيها من التعدي على حق المواطنة، ولا يجب أن يقاس بأعداد المسيحيين في المنطقة". وأشارت إلى أن "بعض أعضاء البرلمان طالبوا بتعديل المواد المتنازعة عليها بين الحكومة والكنائس، لكن لم تكن هناك إرادة غير حقيقية لتحقيق المطلب والذي نادي به الرئيس عبد الفتاح السيسي بشأن دور العبادة الذي يحقق المواطنة". وقال سوزي عدلي، عضو مجلس النواب، إن "اللجنة التشريعية بالمجلس كانت قد أبدت رغبتها في استقبال عدد من اقتراحات المقدمة من النواب، بشأن قانون بناء الكنائس، لتعديل البنود التي يعترض عليها الأقباط قبل أن يتم إقراره". وأوضحت عدلي ل "المصريون" ، أن "مشروع القانون كان يحتاج إلي دراسة وافية ومتأنية ليحقق ما يدعو الدستور إليه من ترسيخ دولة المواطنة، على أن القانون سيضمن حقوق المصريين في إقامة شعائرهم الدينية دون قيود أو عراقيل، مع الاحتفاظ بتطبيق المواد التي بها عوار دستوري".