اختلف الفقهاء الدستوريون والقانونيون حول مدى جدوى وأهمية الطعون المقدمة في نتائج الانتخابات الرئاسية، فمن جهة أكد بعضهم أن تلك الطعون ليست جوهرية، خصوصا أن الأخطاء لا تؤثر على النتيجة العامة، ومن جهة أخرى حذر آخرون من أن الانتخابات من بدايتها تنذر بعدم شرعية الرئيس القادم فى حال إقرار المحكمة الدستورية شرعية قانون العزل. من جهته قال الدكتور نور فرحات الفقيه الدستورى، إن الطعون الانتخابية المقدمة لم يتم إعلان عددها حتى الآن، ولا أسبابها، إلا أن قبول الطعن أو رفضه يتم وفقا لمعيار تأثيره على العملية الانتخابية، فإذا كانت المخالفات المطعون فيها مؤثرة فى النتيجة النهائية وتوزيع عدد الأصوات على نحو مؤثر فى النتيجة العامة، فإن اللجنة المشرفة على الانتخابات الرئاسية ستقبل تلك الطعون، أما إذا كانت لا تؤثر فى النتيجة النهائية فإن اللجنة سترفضها. وعن تقييمه القانونى قال: «الانتخابات مرت بأكثر من مستوى قانونى، منها الالتزام بقانون الانتخابات الرئاسية، وإنما الطعن على العملية الانتخابية أكثر عمقا من ذلك، حيث سمحت اللجنة القضائية المشرفة على الانتخابات الرئاسية باستخدام الشعارات الدينية، خاصة شعار «تحقيق مشروع النهضة بمرجعية إسلامية»، حيث فسرت اللجنة الشعار على أنه يعتمد على المادة الثانية من الإعلان الدستورى، فى كون الشريعة الإسلامية مصدر التشريع، الأمر الذى أضفى مشروعية على استخدام الشعارات الدينية، فضلا عن قيام اللجنة بقبول أوراق أحمد شفيق للترشح، على الرغم من صدور قانون العزل السياسى، إلا أن اللجنة لم تلتزم به، وسمحت له بخوض معركة الرئاسة قبل أن تقول المحكمة الدستورية العليا كلمتها بشأن شرعية القانون، الأمر الذى يهدد مقعد الرئاسة بعدم الشرعية فى حالة فوز شفيق وإقرار المحكمة الدستورية العليا هذا القانون، ولهذا فإن شرعية الرئيس القادم مهددة إذا أقرت المحكمة الدستورية قانون العزل. ويؤكد الدكتور حمدى عمر، أستاذ القانون الدستورى بجامعة الزقازيق، أنه لا يجوز طعن المرشحين أمام القضاء الإدارى والعالى، مشيرا إلى أن اللجنة العليا لانتخابات الرئاسة منحت المرشحين حق الطعن أمامها، ثم تنظر بعد ذلك فى الطعون وتتخذ القرار إما بالرفض أو القبول. وأوضح عمر، أنه لو ثبت وجود حالات تزوير فى إحدى اللجان أو ما شابه ذلك فاللجنة تملك حق القرار وتصحيح ذلك، لكن لا يترتب على هذا استبعاد المرشح. بينما قال الدكتور ثروت بدوى، الفقية الدستورى، إن مصر تعيش أسوأ مرحلة فى التاريخ، ويستحيل أن يستمر الوضع بهذا الشكل، مشيرا إلى أنه لا يجب علينا أن نختار بين الفوضى والإخوان، كما كان يفعل مبارك فى السابق، والشعب المصرى قادر على أن يثبت للعالم أن أمثال شفيق يعملون لصالح تلك الأنظمة.
