أثار تشكيل المجلس العسكري السوري، الذي أعلن عنه الخميس، بوادر انقسامات بين جناحي المعارضة السياسية والعسكرية، وبدا الاختلاف واضحاً بين الجانبين فيما يتعلق بسلطة هذا المجلس الوليد. فبعد ساعات قليلة من إعلان رئيس المجلس الوطني السوري، برهان غليون، تشكيل المجلس، للإشراف على المعارضة المسلحة داخل البلاد، وتنظيمها تحت قيادة موحدة، فاجأ قائد الجيش السوري الحر، العقيد رياض الأسعد، الجميع بقوله إنه لم يشارك في تشكيل هذا المجلس وقال «الأسعد»، وهو رمز بارز في حشد المنشقين عن الجيش والمدنيين الذين حملوا السلاح، إنه لا يعرف أهداف هذا الكيان، وأضاف أنه يريد أفعالا لا أقوالَ، وأنه تحدث إلى «غليون» مساء الأربعاء، لكن لم يتم التوصل إلى اتفاق بينهما. كان رئيس المجلس الوطني السوري، برهان غليون، قد أعلن في مؤتمر صحفي بباريس، عن تشكيل المجلس العسكري، وقال إن جميع القوى المسلحة في سوريا اتفقت على تشكيل المجلس العسكري، وإنه سيكون بمثابة وزارة للدفاع. وأضاف أن الحركة المؤيدة للديمقراطية التي بدأت قبل عام ظلت سلمية لأشهر، لكن نظرا للرد العنيف من جانب الحكومة، اضطرت المعارضة إلى تشكيل مجلس عسكري. وقال أسامة المنجد، أحد مساعدي غليون، في تصريحات صحفية، إن المجلس العسكري سيجمع كل الفصائل التي تقاتل الحكومة السورية تحت مظلة واحدة، ويقيم احتياجاتها العسكرية، ويحاول الوفاء بها من خلال عروض المساعدة من الخارج. وأضاف «دولاً عديدة من بينها السعودية عرضت تقديم السلاح للمعارضة»، مشددًا على أن «السلاح يتم تهريبه بالفعل، سواء شاء المجلس (المجلس الوطني السوري) أم لم يشأ، لذا فإن دور المجلس يتطلب تنظيم هذه العملية وضمان عدم وقوع الأسلحة في الأيدي الخطأ في سوريا». وبدا أحيانا أن المجلس الوطني والجيش الحر على خلاف استراتيجي، إذ أحجم المجلس في بادئ الأمر عن تبني الرد المسلح الذي يتبناه الجيش الحر على الحملات التي تشنها القوات الحكومية، فيما انتقد بعض السوريين المجلس الوطني لعدم دعمه الصريح للمعارضة المسلحة للرئيس بشار الأسد، التي يقودها الجيش السوري الحر.
