انتقد المجلس القومي لحقوق الإنسان تصاعد ظاهرة استخدام الدين والشعارات الدينية لمحاولة التأثير على الناخبين،كذلك زيادة حالات منع بعض المراقبين من ممارسة مهامهم فى متابعة مراحل العملية الانتخابية. ورصدت وحدة دعم الانتخابات بالمجلس فى تقرير لها، السبت، عددا من الظواهر السلبية التي شهدتها المرحلة الثانية، وبداية ظهور مخالفات جديدة في تلك المرحلة تؤثر على سير العملية الانتخابية أهمها: استغلال الأطفال القصر فى ممارسة الدعاية الانتخابية، وتطور أعمال العنف والاشتباكات أثناء سير العملية الانتخابية، وذكر التقرير مثالا على ذلك، واقعة التعدى على مرشح قائمة «الثورة مستمرة» داخل مقر الاقتراع بالدائرة الأولى قوائم بالزقازيق بمحافظة الشرقية. وأضاف إلى السلبيات استمرار تأخر وصول بعض القضاة لمقار الاقتراع، مما ترتب عليه مد فترة التصويت بالجولة الأولى، وعدم تنفيذ بعض الأحكام الصادرة من محكمة القضاء الإداري . وأشار التقرير إلى أن المؤشرات الإيجابية تمثلت في «بداية تعامل محدود» مع مخالفة ممارسة الدعاية الانتخابية أمام مقار الإقتراع بإبعاد أنصار بعض المرشحين أثناء ممارساتهم للدعاية في «فترة الصمت» أو يوم الاقتراع، و«إن كان هذا الإجراء غير كاف أو رادع ولم يمنعها بصورة كاملة»، على حد قول التقرير. وأضاف أنه تم تفادي أخطاء عملية الفرز في تلك المرحلة لتخرج أكثر تنظيماً وأقل مخالفات وأخطاء إدارية، و«إن كانت عمليات الفرز لاتزال بحاجة إلى إجراءات أكثر تطوراً». رصد التقرير أيضا ندرة الشكاوى المتعلقة ببطاقات إبداء الرأى سواء لعدم كفايتها أو عدم وجود خاتم اللجنة العليا عليها أوالأخطاء الإدارية،كذلك تدنى نسبة شكاوى غلق اللجان فى تلك المرحلة، مما يعبر عن التزام اللجنة العليا للانتخابات بما اتخذته من إجراءات فى هذا الشأن. ولاحظ التقرير استمرار حالة البيئة الانتخابية «الآمنة» الناجمة عن نجاح خطط الجيش والشرطة فى تأمين مقار الاقتراع، والعمليات الانتخابية بكل صورها، وتنفيذ بعض الأحكام القضائية الصادرة من المحكمة الإدارية بإرجاء الانتخابات بعدد من دوائر القائمة بمحافظات أسوان، والبحيرة،والمنوفية. وذكر التقرير أن عدد الشكاوى المتلقاة خلال تلك المرحلتين الأولى والثانية من الانتخابات بلغ 660 شكوى، مشيرا إلى أن النسبة الأعلى للشكاوى جاءت بالمرحلة الأولى من محافظات سوهاج، والبحيرة، وبنى سوبف.
