قضت محكمة استئناف القاهرة بإلزام إدارة البورصة بدفع ضريبة الدمغة خلال الفترة من أكتوبر 2000 حتى مايو 2005 إلي مصلحة الضرائب وأوضحت المحكمة أن البورصة مرفق اقتصادي لا تنطبق عليها عبارة الشخصية الاعتبارية الحكومية، حتى يمكن إدخالها ضمن الجهات المعفاة من الضريبة. وكان هناك نزاع بين كلاً من مصلحة الضرائب والبورصة حول ضريبة الدمغة وكان دفاع البورصة قد قدم مذكرات أمام هيئة المحكمة مطالبا بإعفائها من الضريبة باعتبارها جهة اعتبارية عامة حكومية، وأنه لم ينص على ذلك صراحة في قانون إنشائها، لكن كافة قرارات لجانها يتم الطعن عليها أمام محاكم مجلس الدولة باعتبارها قرارات إدارية. يشار إلى أن ذلك النزاع لا يرتبط بدعوى إلغاء ضريبة الدمغة على تعاملات البورصة، التى مازالت متداولة فى محكمه القضاء الإداري وتطالب بإلغاء قرار وزير المالية 271 لسنه 2013 بشأن ضريبة الدمغة، والمقرر نظرها بجلسة 7 أبريل المقبل.