اتهم المفكر الإسلامي «جمال البنا» الكنيسة المصرية بصمتها علي التيار المعادي للإسلام والذي يغذي روح الطائفية التي ظهرت مؤخرا. وأكد البنا خلال ندوة "أسباب الفتنة الطائفية" التي نظمتها منظمة «أقباط متحدون» التابعة لأقباط المهجر علي وجود تيار مسيحي يعادي ويسب الإسلام يقوده القمص «زكريا بطرس» و«موريس صادق» رئيس الاتحاد القبطي الأمريكي و«مجدي خليل» رئيس منتدى حريات الشرق الأوسط، مشيرا إلى أن الأخير طالب من أمريكا والدول الأوروبية بالتدخل العسكري في مصر لإنقاذها من المسلمين. وشدد البنا علي عدم جواز صمت الكنيسة علي ما يحدثه هؤلاء وغيرهم من شق عصا الوحدة المصرية، وقال: "يجب أن تأخذ الكنيسة موقف حازم من مهددي وحدة البلاد خاصا وأن المسيح عليه السلام مكرم في الإسلام ولا يمكن لأي مسلم أهانته علي عكس ما يحدث للرسول الكريم علي يد المسيحيين". وأوضح البنا بأن النقد العلمي للتراث الديني يختلف تماما عن الإساءة للدين ذاته ونبيه كما يحدث من بعض المسيحيين ضد الإسلام ورسوله وقال "الكنيسة ساومت علي تدخلها لإيقاف زكريا بطرس ومنعه من إشعال الفتنة الطائفية مقابل إيقاف بعض العلماء المسلمين الذين ينتقدون المسيحية". وأضاف هذا التصرف غير مقبول لأن بعض هؤلاء المسيحيين يساعدون في تنفيذ المخطط الأمريكي بالتدخل في الشأن المصر تحت مظلة حماية الأقليات. وأشار إلي أن كل دين به مجانيين ولكن المؤسسة الدينية يجب ألا تنساق وراء هؤلاء المجانين أو تغض الطرف عنهم، مشددا علي أن الأزهر وعلماء الإسلام يدافعون عن المسيح أكثر من المسيحيين، رافضا مساواة إجراءات بناء الكنيسة بالمسجد وقال الكنيسة بها أبراج ومنارات وصلبان يصل ارتفاع الواحد إلي أكثر من 5 أمتار وتظل مضاءة طوال الليل ومفتوحة طوال النهار علي عكس المساجد التي تسيطر عليها وزارة الأوقاف وتفتحها بمواعيد ومن الممكن أن تغلقها من الأساس. من جانبه، نفي القمص «فلوباتير جميل» كاهن كنيسة الطوابق أن يكون الخطاب الديني المسيحي مسئول عن أي حادث طائفي رافضا مساواته بالخطاب الديني للجماعات الإسلامية. وقال: "لم نرى مطلقا خروج مظاهرة مسيحية عقب أي عظة في كنيسة ولكننا شاهدنا ذلك كثيرا عقب صلاة الجمعة أو أي صلاة غيرها وأخرها ما حدث في مرسي مطروح بعد خطبه لأحد أئمة المساجد هناك. وشدد جميل علي أن مصر مدينه للبابا شنودة بالحفاظ علي وحده شعبها لأنه يمثل صمام الأمان بفكره المستنير والمتسامح وكثيرا ما نراه يقوم بتهدئة الأقباط ودفعهم للتسامح.
