تأتى على رأس المواد الخلافية فى اللائحة الطلابية الجديدة، التى حددها طلاب التيارات السياسية من غير طلاب الإخوان المسلمين؛ المادة 318 والتى تنص على أن الاتحادات الطلابية هى التنظيمات الشرعية يمارسون من خلالها جميع الانشطة الطلابية وهى الممثل الوحيد أمام الجهات المعنية، والاختلاف عليها يأتى فى كلمة «الممثل الوحيد»، وهو ما يعنى أن طلاب الحركات السياسية التى لن توفق فى التمثيل فى اتحاد الطلاب لن تكون لها صفة شرعية. كما أن المادة 319، التى تنص على أن لطلاب التعليم المفتوح والدراسات العليا والوافدين المسددين لرسوم الاتحاد الحق فى ممارسة جميع الأنشطة دون أن يكون لهم الحق فى الانتخاب أو الترشح، تأتى مادة تعسفية، حيث إنها تحرم شريحة كبيرة من الجامعة تتعدى نحو 250 ألف طالب فى الجامعات، على الأقل، من هؤلاء الطلاب من حقهم فى أن يكون لهم ممثل فى اتحاد طلاب الجامعة يدافع عن مطالبهم. أما المادة 321، فتشترط لصحة الانتخابات فى لجان اتحاد طلاب الكليات والمعاهد بحضور 50% على الأقل من الطلاب الذين لهم حق الانتخاب فى كل فرقة دراسية، وإذا لم يكتمل العدد تعاد الانتخابات فى خلال ثلاثة أيام عمل، وعندئذ تكون الانتخابات صحيحة بحضور أى عدد من الطلاب ممن لهم حق التصويت من الحاضرين، والاختلاف عليه أن تتم الانتخابات فى المرة الأولى فقط مع تقليل نسبة النصاب القانونى من ال50% إلى 25%، وتعاد فى حالة حصول أكثر من اثنين على أعلى نسبة أصوات. كما أن المادة 322 التى تحدد مهام اللجنة الفنية، تنص على الارتقاء بالذوق العام وتنمية الحس الجمالى لدى الطلاب، وهى كلمات مطاطية، خاصة أنها لم تحدد من الذى سيقر أن النشاط الفنى مخالف للذوق العام من عدمه، خاصة إذا سيطرت بعض التيارات الإسلامية على الاتحادات. فيما تنص المادة 324 على أن يشكل مجلس اتحاد طلاب الكلية أو المعهد سنوياً من رئيس ونائب رئيس، يتم انتخابهما من أمين وأمين مساعد كل لجنة، ويتعين أن يحصل المرشح على (50% +1) من أصوات الحاضرين، وفى حالة عدم حصول أحد المرشحين على النسبة المطلوبة من الأصوات تتم الإعادة بين الاثنين الأعلى أصواتا وفى حالة تساوى الأصوات تتم إعادة التصويت مرة أخرى، وإذا تساوت يتم عمل قرعة، مع عدم ازدواج المناصب وتتم إعادة الانتخابات فى لجان الرئيس ونائب الرئيس، وهنا يطالب المعارضون للائحة بانتخاب الرئيس ونائب الرئيس من أعضاء الاتحاد جميعاً، وذلك لتقليل فرص التربيط وتوسيع دائرة المشاركة وجعل رئيس الاتحاد معبرا أكثر عن الاتحاد، مع اقتراح بإضافة مادة تسمح بسحب الثقة من أمين الاتحاد ويقدم الطلب من ثلث أعضاء مجلس الاتحاد ويقر من الثلثين. أما المادة 330 فتلتزم الاتحادات كل بمستواه بتشكيل لجنة خاصة، مهمتها الرقابة والتقييم والمتابعة والعمل على تحسين الأداء، وذلك فى غضون أسبوعين من إعلان نتيجة انتخابات الاتحاد، وبالتالى فإن الاتحاد هو من سيراقب نفسه وتنعدم المراقبة الفعلية على الاتحاد، لأنه ليس من الممكن أن يدين الاتحاد نفسه. وفى المادة 331 تنص على وجوب إخطار مجلس اتحاد الطلاب بأى نشاط طلابى قبل إقامته بمدة لا تقل عن 5 أيام للتنسيق مع الأنشطة الأخرى، ويجوز للاتحاد بأغلبية الثلين رفض إقامة أى نشاط فى حال مخالفته التقاليد أو الأعراف الجامعية وإبلاغ وكيل الكلية أو المعهد أو رئيس الجامعة لاتخاذ ما يلزم لإيقاف النشاط. مما يعنى أنه على طلاب التيارت السياسية غير الممثلة فى الاتحاد إقامة إخطار الاتحاد عند إقامة أى فعالية وبالتالى إذا جاءت مظاهرة ضد الاتحاد أو التيار المسيطر على الأغلبية فإنه لن يسمح بذلك، كما أن مدة 5 أيام تعنى أن أى فعالية ستكون بعد أى قرار سواء حكومى أو رئاسى بأكثر من 5 أيام، بما أنها لن تكون ذات أهمية، فضلا عن أن الاتحاد يمكنه إلغاء أى نشاط وهو ما يفتح الباب للتعسف ضد الحركات الطلابية. وتنص المادة: 333 على أن تحصيل اشتراك سنوى من كل طالب من الطلاب المنتظمين وطلاب التعليم المفتوح والوافدين بكليات ومعاهد الجامعات الخاضعة لقانون تنظيم الجامعات، يحدده المجلس الأعلى للجامعات، وهنا تفتح هذه المادة الفرصة للمجلس الأعلى للجامعات فى خفض ورفع الاشتراك، وكان لابد أن تحدد قيمة الاشتراك حسب توصيات التيارات السياسية المعارضة للإخوان داخل الجامعة.
