اختلفت رؤى مرشحي الرئاسة حول كيفية إدارة ملف العلاقات المصرية الأفريقية ورؤيتهم لحل أزمة حوض النيل، حيث اقترح البعض تعيين مفوض رئاسي لشئون نهر النيل، في حين أكد آخرون على ضرورة توطيد العلاقة مع دول حوض النيل. من جانبه، أشار الدكتور عبد المنعم أبو الفتوح إلى ضرورة التأكيد على دور مصر في إفريقيا وحوض النيل من خلال التعاون في شتى المجالات واستخدام القوة الناعمة وإعادة الاعتبار للدوائر الإفريقية وخلق شراكة مع دول المنبع، في حين قال حمدين صباحي أنه بالإشارة إلى تاريخ العلاقات المصرية الإفريقية يجب إقامة منظمة إقليمية لحوض النيل وتفعيل دور الأزهر والكنيسة. من ناحية أخرى، قال أحمد شفيق أنه سيقوم بتعيين مفوض رئاسي لشئون نهر النيل وإعطاء علاقة مصر بدول الحوض كل الاهتمام والحفاظ على الحقوق التاريخية وتطوير أنظمة الري وحركة النقل بنهر النيل وحماية النيل بيئيًا ونشر ثقافة الاهتمام بالنيل،وأكد عمرو موسى على أهمية الإنتماء الإفريقي لمصر وأولوية خاصة لعلاقات مصر بدول الحوض وتأهيل مصادر المياه ومجرى النهر. وفي إطار ذلك، قال محمد سليم العوا أنه من الضروري توطيد العلاقات وتحقيق شراكة بين هذه الدول، في حين أكد حسام خير الله على ضرورة فتح المعاهد والجامعات معهم، والبناء على المصالح المشتركة، كما أكد أبو العز الحريري على أهمية ربط نهر النيل بنهر الكونغو ودعم التقارب والتعاون على أساس عموم المنفعة. وأشار محمود فوزي عيسى إلى أهمية التشاور وتفعيل الملف الإفريقي، أما هشام البسطويسي أكد على ضرورة إنشاء منظمة إقليمية تجمع دول الحوض ومضاعفة حصة مصر بالتعاون مع دول المنبع، وأن نحسن استخدام المياه. أما محمود حسام أكد على تحسين العلاقات، في حين اشار خالد علي إلى تنشيط الدور المصري في الإتحاد الإفريقي وتعزيز الدبلوماسية الشعبية.
