رصدت شبكة "مراقبون بلا حدود" عدة ملاحظات ومخالفات على الانتخابات من خلال أعمالها لمتابعة الانتخابات وأبرزها تجاوزات في الدعاية والتصويت والتأثير على إرادة الناخبين، ورشاوى انتخابية ببعض اللجان وعدم وجود حاجز سرية التصويت في عدد من اللجان وإهمال استخدام الحبر الفسفوري بعد إجراء التصويت. شهدت جولة الإعادة في المرحلة الأولى مخالفات أقل بكثير من الجولة الأولى وتمثلت أهم السلبيات فى ضعف الإقبال من الناخبين على التصويت باليوم الأول، وعدم مد فترة التصويت وإغلاق الصناديق في الموعد المحدد، ووجود تضارب كبير حول وقف الانتخابات بعدة دوائر صدرت أحكام قضائية بإلغاء الانتخابات فيها، وسريان شائعات بإلغاء الغرامات المالية عن المتخلفين عن عمليات التصويت. ورصدت الشبكة قيام معظم مرشحي جولة الإعادة وفى مقدمتهم أنصار "الحرية والعدالة" و"النور السلفي" فى الزاوية الحمراء والسيدة زينب والخليفة والمقطم بالقاهرة وبيلا والحامول بكفر الشيخ بحملات حشد للناخبين فى اليوم الثاني للتصويت، لحث الناخبين على المشاركة وإرسال رسائل على التليفون المحمول والبريد الإلكتروني. كما رصدت الشبكة سيدة منتقبة بمدرسة الجمهورية الابتدائية بمدينة فوه بكفر الشيخ أدلت بصوتها باستخدام بطاقة رقم قومي خاصة بسيدة أخرى مستغلة النقاب، وقام رئيس اللجنة بتحرير مذكرة ضدها وإحالتها إلى النيابة العامة مما يتطلب تكليف إحدى الموظفات بكل لجنة للكشف عن شخصية السيدات المنتقبات أثناء التصويت. أيضًا من المخالفات، سرقة أوراق إبداء الرأي فى الانتخابات بدائرة دار السلام بالقاهرة من سيارة المستشار أحمد يسرى عبد الحميد المنتدب من محافظة السويس للإشراف على الانتخابات بالدائرة الثامنة ومقرها قسم شرطة دار السلام، أثناء تواجده فى شارع العلمين بمنطقة العجوزة وليس بمنطقة دار السلام خلال زيارته لأحد أقاربة بمنطقة العجوزة، وتركه زجاج سيارته مفتوحًا، وتم تحرر محضر بالواقعة برقم 20970 جنح العجوزة. رصدت الشبكة قيام أنصار الدكتور محمد يسرى مرشح حزب النور بدائرة مدينة نصر بالقاهرة بتخصيص 6 أتوبيسات لنقل الناخبين، وتوزيع لحوم ومواد غذائية على الناخبين داخل منطقة عزبة الهجانة للتأثير عليهم. ورصدت الشبكة تكرار المشاجرات والمشاحنات أمام اللجان بين أنصار حزبي الحرية والعدالة والنور بسبب محاولات استمالة الناخبين والناخبات، وقد وقعت مشاجرة بين السيدات بلجنة مدرسة الراضي الابتدائية بمركز سنورس بالفيوم، ووقعت مشاجرة بين أنصار مرشحي حزب الحرية والعدالة واثنين من فلول حزب الوطني، بعد أن فوجئوا بتواجد حمدي عبد التواب وسيد عبد المحسن داخل إحدى اللجان فاعترض أنصار مرشحي الحرية والعدالة على تواجدهم، وتحولت إلى مشاجرة وقيام الأمن والجيش بطرد المتشاجرين من داخل اللجنة، كما نشبت مشادات بين أنصار مرشحي حزبي الحرية والعدالة والنور في لجنة مدرسة أبو جدير بالفيوم بسبب قيام أحد موظفي التأمينات الاجتماعية بدعوة الناخبين لصرف المعاش إلى انتخاب مرشح حزب النور وتم تحرير محضر ضد ه رقم 7245 لسنة 2011 . ورصدت شكاوى من مرشحي الإخوان المسلمين بدوائر القاهرةوالإسكندرية بقيام بعض المرشحين الذين خرجوا من المنافسة بجولة الإعادة باستئجار أشخاص مجهولين من أجل الدعاية الانتخابية المزيفة أمام اللجان باسم حزب الحرية والعدالة وتصويرها بأنها دعاية للحزب ونشرها على الإنترنت بالإضافة إلى قيام مجهولين بتوزيع بيانات ضد انتساب المرشحين للحزب. كما قام أنصار المرشح محمد عبد الغنى -مرشح الكتلة المصرية- بتوزع دعاية انتخابية أمام اللجان في الوايلى والزيتون وحدائق القبة تفيد بأنه شارك فى إقامة العديد من المشروعات الخدمية والخيرية منها بناء مسجد الظواهرى، وإقامة مشروع العلاج الخيري، ورفضه لأسلوب دعاة الفتنة والإتجار بالدين لجذب الناخبين للتصويت لهم. طالبت شبكة "مراقبون بلا حدود" بسرعة معالجة الأخطاء الإدارية والتنظيمية في سير العملية الانتخابية باليوم الثاني لجولة الإعادة، واتخاذ إجراءات عاجلة لتوفير المناخ المناسب لعمليات الفرز حتى لا تتكرر نفس الاعتراضات، مشيرة إلى أنه تم تخصيص ما يصل إلى 600 مليون جنيه من الحكومة لإجراء الانتخابات. كما لفتت نظر اللجنة العليا للانتخابات إلى ضرورة التأكد من صحة البيانات الصادرة عنها لتجنب زعزعة ثقة الرأي العام بها بعد تراجع اللجنة عن إعلانها لنسبة المشاركة السياسية في العلمية الانتخابية التي حددتها في الجولة الأولى وتصحيحها بأن النسبة الحقيقية للمشاركة فى التصويت 52% بدلاً من 62%، وضرورة بحثها عن آلية جديدة للإعلان عن نتائج الانتخابات بدلاً من تكرار وقوعها فى الأخطاء. ونددت الشبكة بتأخر قرار اللجنة العليا للانتخابات الخاص بإلغاء الانتخابات التي جرت في دائرة الساحل على القوائم الحزبية والمقاعد الفردية تنفيذًا للحكم القضائي، الذي صدر من المحكمة الإدارية العليا بتأييد حكم القضاء الإداري ببطلان الانتخابات بهذه الدائرة، وقررت اللجنة أجراء الانتخابات مرة أخرى يومي 10 و11 يناير المقبل، وإجراء الإعادة بالدائرة يومي 17 و18 يناير المقبل، وعدم اتخاذها لموقف حاسم من تنفيذ أحكام قضائية مشابهة صادرة من محاكم مجلس الدولة فى الدائرة والثانية والثالثة بمحافظة أسيوط، والثالثة بمحافظة الإسكندرية، لإيقاف جولة الإعادة بتلك الدوائر بسبب العبث بأوراق الاقتراع ومحاضر الفرز وتغيير أرقام ورموز المرشحين فى ورقة التصويت وهو ما يفتح الباب للتشكيك والعصف بالنتائج وثقة الناخبين وقبول المرشحين لها.