يواجه الأزهر الشريف حربا ضارية من مختلف التيارات الإسلامية، بدأت تلك الحرب "المغرضة" منذ سيطر المتأسلمون على السلطة التنفيذية والتشريعية في مصر، حيث تطلع الإخوان للاستيلاء على المواقع الأساسية في مؤسسات الدولة، مثل الداخلية والقوات المسلحة، والإعلام، فيما استعصى عليهمالقضاء، والمخابرات، والأزهر، وفشلت كافة محاولاتهم، فاستخدموا السلفيين كرأس حربة – من خلال وزارة الأوقاف – لتنفيذ خطة الزحف غير المقدس نحو منبر المسجد التاريخي، فنجحوا بشكل ساحق، ودفعوا مشايخهم للوقوف على المنبر الجليل.. لدرجة أن إسماعيل هنية – رئيس حكومة "حماس" المقالة ارتقى المنبر وخطب في المصلين، وعلى شاكلته محمد العريفي.. وسبقهما مرشح الإخوان لكرسي الإمام الأكبر الدكتور يوسف القرضاوي. الدكتور أحمد كريمة – أستاذ الشريعة الإسلامية بجامعة الأزهر – تحدث بمرارة شديدة عن المحاولات المستميتة للاستيلاء على المؤسسة الدينية العريقة، والصفقات السرية بين السلفية والإخوان لتأليب المسلمين ضد الأزهر، واصفا "موقعة المدينة الجامعية" بأنها تصفية حسابات، وأن "تسميم العقول" أخطر المؤامرات. أوضح الداعية الكبير أن هناك أوتوبيسات تنقل مئات الطلاب من المدن الجامعية أبام الجمع للصلاة في مساجد يؤمها سلفيون، حيث يتم تحريض الشباب على الإساءة لمشايخ الأزهر، لدرجة أنني لم أتمكن من أداء الصلاة في مسجد المدينة الجامعية بالأزهر؛ بسبب إساءات الطلاب المنتمين للتيارات الإسلامية. تحدث الشيخ الجليل أيضا عن إهانة شيخ الأزهر أكثر من مرة من قبل الإخوان، أولها من القرضاوي، وثانيها من الرئاسة في أول لقاء لرئيس الجمهورية بجامعة القاهرة، عندما حاولوا إجباره على الجلوس في الصفوف الخلفية.. وثالثها من شيخ السلفيين ياسر برهامي في شريطه الشهير. وقال د. كريمة: أنا نفسي تعرضت للعديد من الإهانات، ومنها السب والشتائم، على هاتفي المحمول من أشخاص ليسوا من طلاب الأزهر.. وأضاف: المساجد الكبرى تهبها الأوقاف للسلفيين، ونحن نخطب في الزوايا! ومن الواضح – بعد فشل خطة "موقعة المدينة الجامعية" – أن الأزهر كمؤسسة دينية عريقة تاريخيا، وعميقة بجذورها في قلوب الملايين، أقوى مئات المرات من الجماعة – حديثة النشأة – وأنها سوف تستعصي على هيمنة الإخوان، رغم تمكنهم الكامل من وزارة الأوقاف، التي تدير آلاف المساجد في مختلف المحافظات.. وعلى الجماعة البحث عن وسيلة مغايرة لتحقيق الهدف المستحيل.