قرر الدكتور إبراهيم غنيم وزير التربية والتعليم إحالة المسئولين عن مشروع الموهوبين الى النيابة الإدارية لوجود مخالفات مالية جسيمة في توزيع المكافآت الخاصة بالمشروع . حيث أثبتت تحقيقات الشئون القانونية بالوزارة قيام هؤلاء المسئولين بصرف مبالغ لبعض القيادات والعاملين بديوان عام الوزارة بلغت ( 789000 جنيهاً ) عام 2010/2011، وبلغت ( 689000 جنيهاً ) عام 2011/2012، على اعتبار أن هذ المبالغ هي الفائض وذلك تحت بند 3/1 ( مكافآت عن جهود غير عادية ) ، دون وجود معايير منظمة لصرف هذه المبالغ ، أو مقابل القيام بأعمال هي من صميم مقتضيات واجبهم الوظيفي، وبعض هؤلاء القيادات والعاملين لم يقم بعمل على الإطلاق في هذا المشروع .