أحال الدكتور إبراهيم غنيم وزير التربية والتعليم، المسئولين عن مشروع الموهوبين إلى النيابة الإدارية لوجود مخالفات مالية جسيمة في توزيع المكافآت الخاصة بهذا المشروع. حيث أثبتت تحقيقات الشئون القانونية بالوزارة قيام هؤلاء المسئولين بصرف مبالغ لبعض القيادات والعاملين بديوان عام الوزارة بلغت ( 789000 جنيهاً) عام 2010/2011، وبلغت ( 689000 جنيهاً ) عام 2011/2012، على اعتبار أن هذه المبالغ هي الفائض وذلك تحت بند 3/1 ( مكافآت عن جهود غير عادية )، دون وجود معايير منظمة لصرف هذه المبالغ، أو مقابل القيام بأعمال هي من صميم مقتضيات واجبهم الوظيفي، وبعض هؤلاء القيادات والعاملين لم يقم بعمل على الإطلاق في هذا المشروع .