طالب عدد كبير من العاملين بالجمعيات الأهلية ضم جماعة الإخوان المسلمين إلى ملف قضية التمويل الأجنبي، ومحاكمتها مثلما حدث مع منظمات المجتمع المدني المصرية والأجنبية العاملة في مصر. وقال محمد سعيد الشاذلي، رئيس الاتحاد الإقليمي للجمعيات الأهلية بالغربية، إن جماعة الإخوان "تعمل دون ترخيص من الحكومة، مثلها في ذلك مثل كافة الجهات والمنظمات الخاضعة للمحاكمة في قضية التمويل الأجنبي، لذا لا بد من المساواة بين الجميع أمام القانون". وأشار خلال مؤتمر "نحو فهم أفضل لمشروع قانون الجميعات الأهلية"، إلى أنه تم رفع دعوى قضائية لضم جماعة "الإخوان" إلى قضية التمويل الأجنبي، مؤكدا أنه "لا يجب أن تكون الحكومة خصمًا وحكمًا في الوقت ذاته، كما لا يجب أن يترك الحبل على الغارب للجهة الإدارية للتحكم في عمل الجميعات سواء بحل مجالس إدارتها والتدخل في نشاطها". وأبدى عدد كبير من المشاركين بالمؤتمر تأييده لرأي "الشاذلي"، عندما سألهم من على منصة المؤتمر، مدى موافقتهم على ضم "الإخوان" لقضية المنظمات.