رغم عمق و تعدد العلاقات بين الولاياتالمتحدة والمجلس العسكري ، دعت وزيرة الخارجية الأمريكية هيلاري كلينتون إلى ضرورة نقل السلطة إلى حكومة منتخبة محذرة من أن تؤدي الأوضاع الراهنة إلى اضطرابات مستقبلية. وقالت كلينتون، فى كلمة ألقتها بالمعهد الوطنى الديمقراطى الأمريكي، أمس الأول، : "إذا ما بقيت السلطة السياسية الكبيرة فى مصر بين هؤلاء المسؤولين غير المنتخبين -المجلس العسكري- ، فإنهم سيكونون بذورًا للاضطرابات فى المستقبل، وسيفقد المصريون فرصة تاريخية". ومن جانبه، قال مارك تونر، المتحدث باسم الخارجية الأمريكية، إن هناك العديد من التساؤلات التى أثيرت فى مصر منذ تنحى الرئيس السابق حسنى مبارك فى 11 فبراير الماضى، حول القرارات التى اتخذها المجلس العسكرى فيما يخص الجدول الزمنى للانتقال إلى حكم مدنى. وأضاف تونر أن العلاقات بين الولاياتالمتحدة والمجلس العسكرى عميقة جدًا ومتعددة الأوجه، وهناك الكثير من الطرق لمعالجة القضايا، سواء القضايا التى تتفق عليها الولاياتالمتحدة أو القضايا التى لدينا مخاوف بشأنها. ورأت صحيفة "واشنطن بوست" الأمريكية أن ثورة 25 يناير فى مصر في طريقها لأن تصبح "ثورة مضادة"، حيث يكون هناك نظام عسكرى آخر لن يختلف عن ذلك الذى جاء بعد ثورة عام 1952، حينما طردوا الملك فاروق بسبب فساده، الأمر الذى يجعل الديمقراطية بعيدة المنال بشكل كبير. واختلفت الآراء حول موقف واشنطن بشأن الانتخابات البرلمانية المقبلة في مصر خاصة فيما يتعلق بسيطرة الاخوان المسلمين علي نتائج الانتخابات. وقال بروس ريدال الخبير بمعهد بروكنجز في تصريحات لمجلة "يو. أس.نيوز اند ورلد ريبورت" أنه من المتوقع ان تحظي جماعة الإخوان المسلمين بأغلبية في انتخابات مجلس الشعب. ولا يتفق ريدال مع ما يقال بأن السياسة الخارجية لحكومة مصرية بها أغلبية من الاخوان المسلمين ستكون معادية للمصالح الامريكية حيث قال"ان التعامل مع الاخوان المسلمين قد يكون صعبا إلا انه لا يجب ان يعتبر كارثة". وفي المقابل صرح "وليام تايلور" مسؤول الإدارة الأمريكية لشؤون انتقال السلطة بالشرق الأوسط، إن واشنطن ستكون"راضية" إذا أسفرت انتخابات برلمانية نزيهة فى مصر عن فوز الإخوان المسلمين.