أقام حمدي الفخراني دعوى قضائية أمام محكمة القضاء الإدارى للمطالبة بالإفصاح عن أسماء خاطفى الجنود المصريين والقبض عليهم وتقديمهم للمحاكمة ووقف العفو عن 18 سجينا منهم. واختصمت الدعوى، التي حملت رقم 50105 لسنة 67 قضائية، الرئيس محمد مرسي وهشام قنديل رئيس مجلس الوزراء ووزيرى الدفاع والداخلية ورئيس جهاز المخابرات العامة بصفتهم. وقالت الدعوى إن الجماعات الجهادية أعلنت خلال الأيام الماضية عن اختطاف سبعة جنود مصريين من الشرطة والجيش للمطالبة بالإفراج عن أحد القيادات الجهادية المدعو، حمادة أبو شيتة، وآخرين مقابل إطلاق سراح الجنود المختطفين ورفعت القوات المسلحة حالة التأهب القصوى تمهيد لعملية عسكرية موسعة ضد الخلايا الإرهابية بسيناء، إلا أن رئيس الجمهورية طالب القوات المسلحة بالحفاظ على أرواح الخاطفين والمخطوفين على السواء وتأخرت العملية العسكرية دون إبداء أسباب حتى فوجئ الجميع بإطلاق سراح الجنود وتعالت صيحات الفرح وخطب الرئيس. وأكدت الدعوى أن ما تم صفقة مشبوهة وعملية ابتزاز تمت بين الجماعة الإرهابية ومؤسسة الرئاسة للعفو عن 19 سجينا من المحكوم عليهم مقابل إطلاق سراح الجنود الأمر الذي رفضه الفريق عبد الفتاح السيسى، واتفق الطرفان على إخراج ال 18 سجينا الآخرين، على حد قولها. وشددت الدعوى على أن "ما حدث ينال من الدولة وسيادتها على أرضها ويجعلها تحت سيطرة الجماعات الإرهابية خاصة مع إعلان وزير الداخلية عن معرفته بأسماء الخاطفين و أماكنهم".