رغم موافقة مجلس النواب على قوانين السجون، والكيانات الإرهابية، وازدراء الأديان، التى صدرت فى غيبة السلطة التشريعية، أصر المجلس القومى لحقوق الإنسان على إجراء تعديلات عليها، بدعوى تأثيرها المباشر على أوضاع حقوق الإنسان فى مصر، خصوصا أن الدستور يجعل من المجلس شريكًا فى كافة التشريعات التى تصدر من البرلمان وتتعلق بالأوضاع الحقوقية. وقال عبدالغفار شكر، نائب رئيس المجلس القومى لحقوق الإنسان، إن هناك عددا من التحفظات على القوانين التى تتعلق بحقوق الإنسان وصدرت خلال فترة غياب السلطة التشريعية، مشيرا إلى أن المجلس سوف يتقدم خلال الفترة المقبلة بقائمة من التوصيات إلى مجلس النواب، لإدخالها على التشريعات التى تتعلق بأوضاع حقوق الإنسان، سواء كانت تشريعات قائمة، أو تشريعات سيتم استحداثها وفقًا لنصوص الدستور. وأوضح الدكتور صلاح سلام، عضو المجلس القومى لحقوق الإنسان، أن المجلس سوف يتقدم إلى مجلس النواب بتوصياته لتعديل قانون السجون، وذلك بما يعزز أوضاع حقوق الإنسان داخل السجون، خصوصا أن القانون به العديد من المواد التى تحتاج إلى تعديل من بينها المواد التى تمنع أعضاء المجلس من زيارة السجون إلا بعد الحصول على موافقة الداخلية، وغيرها من المواد. فيما طالب حقوقيون، مجلس النواب بالقيام بدوره فى ترجمة الدستور المصرى، لا سيما مواد «ازدراء الأديان» فى قانون العقوبات، حيث أكد مينا ثابت، مسئول ملف الأقليات الدينية بالمفوضية المصرية للحقوق والحريات، أن استمرار هذه المادة المتعارضة مع نصوص الدستور المصرى لا يمكن القبول بها، خاصةً المتعلق منها ب«ازدراء الأديان»، لأنها غير دستورية وغير إنسانية، مشددا على أن هذه الجريمة «ازدراء الأديان» ومحصورة فى نصوص المواد 98 و160 و161 من قانون العقوبات، وهى مواد تمت إضافتها إلى القانون فى فترة السبعينيات، مع ظهور الخطاب الطائفى.