حذرت منظمة العدل والتنمية لحقوق الإنسان، من إمكانية إقدام محافظات الصعيد بدءا من بنى سويف حتى أسوانجنوبا على الانفصال إداريا عن مصر، وذلك بسبب تعمد الأنظمة السياسية المختلفة والمتعاقبة على تهميش الصعيد، وآخرها نظام الرئيس مرسي، ما أدى لتفاقم الأزمات اقتصاديا واجتماعيا وأمنيا. وقالت المنظمة، فى بيان عاجل لها، "إن كل مقومات انفصال الصعيد متوافرة وعلى رأسها مساحته الجغرافية الواسعة والمساحة المستطيلة لمصر، إضافة إلى الفقر والبطالة والتهميش والتخلف الاقتصادي، وأيضا انتشار ترسانات الأسلحة التى يتم تهريبها عبر الدروب الصحراوية بالحدود السودانية، إضافة لتجاهل وتهميش حقوق الصعيد من صحة وتعليم ومستوى معيشة". كما أشارت المنظمة إلى أن "انفصال السودان أواخر عام 2010 بين الشمال والجنوب بات يمثل خطرا حقيقيا على وحدة الأراضى المصرية والأمن القومى المصرى، ويمكنه التأثير سلبا على الأوضاع داخل إقليم الصعيد، بخاصة أسوان وقنا، وأيضا الوجود الإيرانى داخل شمال السودان فى ظل تقارب البشير بإيران، مع تواجد خلايا شيعية بجنوب مصر وأسوان والأقصر، ومقامات صوفية كثيرة يمكن تحويلها لحسينيات شيعية فى ظل الاختراق الإيرانى لمصر، وذلك بسبب القوى الإقليمية التى تلعب فى إفريقيا والملف السودانى ومحاولة إقامة قواعد عسكرية لها بدول شرق إفريقيا والسودان والمناطق المتاخمة لحدود مصر مع السودان، وأيضا إثارة نزعات مسلحة بين مصر وأهالي قبائل حلايب وشلاتين، وإيهامهم بأنهم جزء من السودان". وحذرت المنظمة من "الوجود العسكرى لحلف الناتو فى السودان، حال اندلاع حرب أهلية بين الشمال والجنوب، وتأثير ذلك على جنوب مصر وأسوان". وانتقد رئيس المنظمة نادى عاطف الصورة النمطية التى رسمتها السينما المصرية عبر تاريخها الطويل وبعض وسائل الإعلام عن الصعيد وأهله، "وتصويرهم على أنهم مواطنون درجة ثالثة ومتخلفون وتناست تلك السينما الفاشلة التى خدمت أجندة الديكتاتورية السياسية منذ "انقلاب يوليه 1952" وزيفت وعى المصريين أن الفراعنة والحضارة الفرعونية العظيمة التى أركعت العالم بأسره كان مقرها جنوب وشمال الصعيد، وتجاهلت فلاسفة وعلماء التنوير ممن خرجو منه ومنهم رفاعة الطهطاوي وطه حسين وغيرهم المئات". وحذر من استمرار رسم تلك الصورة النمطية عن الصعيد وبدو سيناء الأبطال فى السينما والإعلام، "لأن التداعيات ستكون غير محمودة وكارثية" وأشار إلى أن ثقافة التسلح فى جنوب مصر باتت أمرا مقلقا سياسيا، خلال الفترة المقبلة، بالتوازي مع الأحداث بسيناء. من جانبه، قال زيدان القنائى مدير المنظمة بقنا والقيادى بالمجلس السياسى للمعارضة المصرية "إن استمرار تهميش الصعيد وجنوب مصر سيؤدى عاجلا أم آجلا لتجهيز ميليشيات مسلحة على غرار السودان والجماعات الانفصالية المتمردة فى إفريقيا، تعلن الانفصال أو تزحف على الشمال للاستيلاء عليه، وهناك دول إقليمية باتت الآن تمارس نشاطا خفيا بالصعيد وتعد لهذا السيناريو وسط غياب الدولة المصرية، التى فقدت هيبتها بعد 25 يناير ومخابرات المخلوع، التى تخدم الأنظمة ولا تخدم الوطن".