شهدت أروقة الجمعية التأسيسية مناقشة ساخنة بين الدكتور نصر فريد واصل مفتى الجمهورية السابق وعضو الجمعية التأسيسية والدكتور وحيد عبد المجيد المتحدث باسم الجمعية, عندما بدأ واصل بمعاتبة عبد المجيد على اعتراضه فى لجنة الصياغة على المادة المستحدثة الخاصة بالازهر كمرجعية نهائية للدولة فى الأمور الشرعية. وقال عبد المجيد إن هذا يعنى وجود مرجع أعلى كما فى إيران، وأضاف أن وضع جملة أنه المرجعية النهائية تجعله "آية الله العظمى"، والمرجعية النهائية ستجعله يكفرنا وسيحول الازهر الى "مكفر"، و تابع أن الامر لو استشارى فقط لا نستخدم كلمة المرجعية النهائية فهو تعبير لا يعبر عن معنى استشارى. وأشار الى أن وجود مرجعية عليا للشيعة أدت الى أن يكون انتشار الاسلام الشيعى محدودا بينما تعدد الآراء فى الاسلام السنى أدى الى اتساع رقعة انتشاره . ورد واصل قائلا: إن الازهر سيكون رأيه استشاريا لحسم القضايا الخلافية فى الامور الشرعية و لو الاعتراض على التعبير نفسه فيمكن أن نناقشه لحسم النزاع . وحاول الدكتور يونس مخيون عضو الجمعية عن حزب النور ومحمد سعد جاويش عضو الجمعية عن الدعوة السلفية والمستشار ماجد شبيطة عضو لجنة نظام الحكم إقناع عبد المجيد بأن مرجعية الازهر ستكون استشارية الا أنه أصر على أنها تجعل الازهر أشبه بالنظام الايرانى. وقال شبيطة إنه لا خلاف فى الإصلاح والهدف فى جعل الأزهر مرجعية هو تقنين وضع أدى الى خلافات وفتن فى سنوات سابقة عندما اختلف الازهر مع شيوخ السلف فى بعض الامور وهو ما أدى الى وقوع بعض المشكلات والفتن.
