شهدت اروقة الجمعية التأسيسية مناقشة ساخنة بين الدكتور نصر فريد واصل مفتى الجمهورية السابق و عضو الجمعية التاسيسية و الدكتور وحيد عبد المجيد المتحدث باسم الجمعية , عندما بدأ واصل بمعاتبة عبد المجيد على اعتراضه فى لجنة الصياغة على المادة المستحدثة الخاصة بالازهر كمرجعية نهائية للدولة فى الامور الشرعية . و قال عد المجيد ان هذا يعنى وجود مرجع اعلى كما فى ايران و اضاف ان وضع جملة انه المرجعية النهائية تجعله " آية الله العظمى " و المرجعية النهائية ستجعله يكفرنا و سيحول الازهر الى " مكفر " . و تابع ان الامر لو استشارى فقط لا نستخدم كلمة المرجعية النهائية فهو تعبير لا يعبر عن معنى استشارى . و اشار الى ان وجود مرجعية عليا للشيعة ادت الى ان يكون انتشار الاسلام الشيعى محدود بينما تعدد الاراء فى الاسلام السنى ادى الى اتساع رقعة انتشاره . و رد واصل قائلا ان الازهر سيكون رأيه استشاريا لحسم القضايا الخلافية فى الامور الشرعية و لو الاعتراض على التعبير نفسه فيمكن ان نناقشه لحسم النزاع . وحاول الدكتور يونس مخيون عضو الجمعية عن حزب النور و محمد سعد جاويش عضو الجمعية عن الدعوة السلفية و المستشار ماجد شبيطة عضو لجنة نظام الحكم اقناع عبد المجيد بان مرجعية الازهر ستكون استشارية الا انه اصر على انها تجعل الازهر اشبه بالنظام الايرانى . و قال شبيطة انه لا خلاف فى الاصلاح و الهدف فى جعل الازهر مرجعية هو تقنين وضع ادى الى خلافات و فتن فى سنوات سابقة عندما اختلف الازهر مع شيوخ السلف فى بعض الامور و هو ما ادى الى وقوع بعض المشكلات و الفتن.