رفض نشطاء أقباط نص مرجعية الأزهر الشريف المزمع إدراجه في الدستور الجديد، معربين عن تخوفهم من احتمالية تغيير شيخ الأزهر ومجمع البحوث الإسلامية خلال الفترة المقبلة، ورجاله المعتدلين والوسطيين، وسيطرة التيار السلفى والإخوانى على الأزهر الشريف. واعتبر نشطاء الأقباط أن مرجعية الأزهر الوحيدة للمادة الثانية التى تعنى أن كافة القوانين لابد أن تعرض على مجمع البحوث الاسلامية قبل صدورها أيا كان مذهب أو هوية أعضاء هذا المجمع. وأضافوا في بيان صدر عن منظمة الاتحاد المصري لحقوق الإنسان صباح اليوم أن هذا النص ينتج عنه دستور يحكم دولة دينية ولا يحكم دولة مدنية، خاصة أن مواد الدستور جميعها قد خلت من أى نص أو لفظ يعبر عن مدنية الدولة. من جانبه، طالب المستشار نجيب جبرائيل رئيس منظمة الاتحاد المصري لحقوق الإنسان ممثلي الكنائس بالجمعية التأسيسية للدستور بالانسحاب من الجمعية التأسيسية، في حال صدور حكم قضائي بعد غد الثلاثاء بالإبقاء عليها، لافتا إلى ضرورة المطالبة ب"دستور" وفقا لمرجعية مدنية مصدرها الإعلان العالمي لحقوق الإنسان. ودعا جبرائيل، خلال مؤتمر "المادة الثانية والدستور المصري المنعقد بمقر المنظمة صباح اليوم، إلى النص صراحة على كفالة حرية العقيدة والاعتقاد وممارستها دون اضافة أى قيود ودون اضافة كلمة بما لا يخالف النظام العام"، لان النظام العام يعنى فى الدساتير المصرية مفهوما دينيا بحتا، إلى جانب النص صراحة على حرية الرأى والابداع والفن والتأليف والثقافة دون قيود، وإضافة كوتة فى التمثيل السياسى والنيابى إعمالا لقاعدة التمييز الايجابى فى القانون الدولى. وأشار جبرائيل إلى ضرورة النص فى الدستور على إلزام المشرع بإصدار قوانين بصفة عاجلة تتعلق بتفعيل المواطنة، وهى قوانين تجريم التمييز على أساس الدين فى كافة أشكال الحياة فى مصر وقانون مكافحة العنف الطائفة وقانون ازدراء الاديان.
