شدد الأنبا باخوميوس، قائم مقام بطريرك الكنيسة الأرثوذكسية علي أن الكنيسة «لن نقبل إشراف أية هيئة أو جهاز من أجهزة الدولة على أموال أو تبرعات أو مشروعات الكنيسة ». وأكد رفضه لما يتردد داخل الجمعية التأسيسية للدستور عن وجود مناقشات بين بعض أعضاء الجمعية من السلفيين بشأن تقديم اقتراح لإخضاع أموال الكنائس ومشروعاتها للمراقبة من قبل الجهاز المركزي للمحاسبات. وقال الأنبا باخوميوس، أن مجرد تقديم مثل هذا الاقتراح «أمر مرفوض تمامًا، وإذا حدث وتمت الموافقة عليه، فليس لهذا الاقتراح معنى سوى أن هناك اضطهادًا واضحًا للأقباط»، مضيفًا: «مراقبة أموال الكنيسة أمر مرفوض، ولن تقبل به الكنيسة تحت أي ظرف». وتساءل الأنبا باخوميوس: «هل من المنطقي أن نأخذ إذن الجهاز المركزي للمحاسبات في موازنة الطعام الخاص بالرهبان في الأديرة، وفي رسامة القساوسة، وفي المشروعات الخدمية التي تقوم بها الكنيسة من عشور الأقباط؟!، من يقبل بهذا؟! من جانبه، قال المستشار إدوارد غالب، ممثل الكنيسة الأرثوذكسية في الجمعية التأسيسية للدستور: «مقارنة الكنيسة بالجيش في مراقبة أمواله، وإقرار ذلك في الدستور الجديد أمر غير منطقي، ولا تجوز فيه المقارنة؛ لأن القوات المسلحة تأخذ مواردها وأموالها من الدولة، لكن الكنيسة تعتمد في أموالها على تبرعات الأقباط والعشور»