أعرب الأنبا باخوميوس القائم مقام البطريرك للكنيسة الأرثوذكسية عن رفضه التام لما يتردد داخل الجمعية التأسيسية للدستور عن وجود مناقشات بين بعض أعضاء الجمعية من السلفيين بشأن تقديم اقتراح لإخضاع أموال الكنائس ومشروعاتها للمراقبة من قبل الجهاز المركزي للمحاسبات، كما تم اقتراح مراقبة أموال القوات المسلحة، وإقرار ذلك في الدستور. كما شدد في تصريحات صحفية على انهم لن يقبلوا بإشراف أية هيئة أو جهاز من أجهزة الدولة على أموال أو تبرعات أو مشروعات الكنيسة القبطية الأرثوذكسية. وأكد الأنبا باخوميوس أن مجرد تقديم مثل هذا الاقتراح أمر مرفوض تمامًا وإذا حدث وتمت الموافقة عليه فليس لهذا الاقتراح معنى سوى أن هناك اضطهادًا واضحًا للأقباط.