أقام أحد المحامين دعوى أمام محكمة القضاء الإداري، يطالب فيها بإلزام وزير التجارة والصناعة، بوقف نشاط مجلس الأعمال المصري القطري لمخالفته للقانون وإلغائه. ذكرت الدعوى أن إنشاء هذا المجلس مخالف للقانون 189 لسنة 1951 بشأن الغرف التجارية ولائحته التنفيذية الصادر بقرار وزير التموين والتجارة رقم 25 لسنة 2002، وأوضحت أنه تم إنشاء هذا المجلس دون إتباع الإجراءات القانونية ودون اقتراح وموافقة من الاتحاد العام للغرف التجارية المصرية، وأنه تم إنشائه بقرار من وزير التجارة بالمخالفة للاتفاقيات الدولية بشأن تطبيق مبادئ حق التنظيم والمفاوضات الجماعية واتفاقية الحرية النقابية وحماية حق التنظيم.
وأكدت الدعوى على أن استمرار قيام مجلس الأعمال المصري القطري بمهامه في مصر يؤثر على الاقتصاد المصري القومي لكونه الهدف من إنشائه ليس مجرد مساع لزيادة الاستثمارات المتكافئة بين مصر وقطر، بما يحفظ وضع مصر الإقليمي المتقدم ومكانة رجال أعمالها، لكنه استغلال قطري للحالة الاقتصادية السيئة والمتردية لمصر، وهو الأمر الذي يؤدى إلى تمكين القطريين من السيطرة على مقدرات البلاد، حيث إن الاستثمارات القطرية في شرق التفريعة قد تحول المنطقة إلى دويلة قطرية على أرض مصرية وإلى تمكين القطريين من اختراق الاقتصاد المصري عبر شركاء مصريين في مجلس الأعمال.