شهدت الأوساط القبطية المصرية انقساما بين الطوائف الثلاث حول سفر الأقباط إلي القدس لزيارة الأماكن المقدسة, فأمام موافقة الكنيستين الكاثوليكية والإنجيلية علي السفر. رفضته الكنيسة الأرثوذكسية وأكدت أنها ستعاقب كل من يخالف قرارها ويسافر إلي القدس. وأكد رمسيس النجار, المستشار القانوني للكنيسة الأرثوذكسية أن قرار عدم السماح للأقباط بزيارة القدس تحت الحكم الإسرائيلي مازال ساريا رغم وفاة البابا شنودة الثالث, وذلك لأن القرار صادر من المجمع المقدس ولا يمكن تعديل أو إلغاء القرار إلا بناء علي قرار آخر من المجمع, حسب قوله. وأشار إلي أن الأقباط الذين سافروا إلي القدس ستتم معاقبتهم كما كان يحدث قبل وفاة البابا شنودة, مؤكدا أن معظم الذين سافروا أقباط تابعون للكنيسة الكاثوليكية والإنجيلية وليسوا أرثوذكس ونحن ليست لنا سلطة لمنعهم, علي حد تعبيره. من جانبه, قال القس إكرام لمعي المستشار الصحفي للكنيسة الإنجيلية: لن نعاقب أحدا ممن سافروا إلي القدس لأن العقيدة الإنجيلية ليس بها مفهوم التبرك بالأماكن المقدسة والذين ذهبوا إلي هناك سافروا بغرض السياحة وزيارة القدس وكنيسة القيامة. وقال الأب رفيق جرينس, المتحدث باسم الكنيسة الكاثوليكية: ليست لدينا مشكلة في سفر الأقباط الكاثوليك إلي القدس لزيارة الأماكن المقدسة مثل كنيسة القيامة.