رفضت منظمات حقوقية ماسمته حصول المجتمع المدني علي حريته علي جثة استقلال القضاء المصري مؤكدة أن تنحي هيئةالمحكمة التي تنظر قضية التمويلات الأجنبية ورفع الحظر عن المتهمين الأمريكيين فيها لعبة سياسية وأنه تم الزج بالقضاء فيها بشكل نال في النهاية من هيبته. استنكر نجاد البرعي الناشط الحقوقي ومدير المجموعة المتحدة للمحاماة ورئيس هيئة الدفاع عن المتهمين في قضية التمويلات الأجنبية إقحام القضاء في السياسة بهذا الشكل وقال إن الأيام المقبلة ستثبت للجميع براءة جميع المتهمين بمن فيهم المصريون العاملون بالمراكز الحقوقية المحالون للتحقيق. وأضاف: إذا كان القضاء رفع الحظر عن الأمريكان الممولين فالأولي أن يتم الحكم ببراءة المصريين العاملين في تلك المراكز وهوما سيؤكده القضاء المصري قريبا. وقال ناصر أمين مدير المركز العربي لاستقلال القضاء والمحاماة أحد المراكز الحقوقية التي تمت مداهمتها من قبل جهات التحقيق في قضية التمويلات: نرفض حصول المجتمع المدني المصري علي حريته. علي جثة استقلال القضاء المصري وأدعو هيئة المحكمة إلي كشف دوافع قرار تنحي هيئة المحكمة واستكمال النظر في هذه الدعوي رغم أنف الاجهزة الأمنية والسياسية التي ضغطت عليها وعلي الجميع أن يقبل حكم القضاء حسب قوله. وطالب أمين المستشار حسام الغرياني رئيس المجلس الأعلي للقضاء بفتح تحقيق حول واقعة التأثير علي هيئة المحكمة التي تنظر قضية التمويلات. داعيا في الوقت نفسه المجلس العسكري بعد هذه الواقعة إلي مراجعة تشكيل اللجنة العليا للانتخابات الرئاسية. وشدد أمين علي ضرورة أن يقوم مجلس الشعب بدوره ويصدر قانون السلطة القضائية الذي ينهي وللأبد سيطرة السلطة التنفيذية علي المؤسسات القضائية ويقضي علي استغلالها في القضايا السياسية مطالبا أيضا بالتحقيق مع المستشار عادل عبدالحميد وزير العدل باعتباره شارك في هذه الجريمة وقبل باستخدام القضاء علي نحو ينال من هيبة الدولة, حسب قوله. من جانبه أكد بهي الدين حسن مدير مركز القاهرة لدراسات حقوق الانسان أن الخاسر الأكبر في هذه القضية هو القضاء المصري الذي تم الزج به في قضية هي في الأصل سياسية وليست قضائية. تم إعدادها لتحقيق أهداف سياسية معينة طرفاها المجلس العسكري من جانب والإدارة الأمريكية من جانب آخر. وأشار بهي إلي أن قضية التمويلات تم ترويجها إعلاميا لهدفين أولهما تشويه صورة المنظمات التي ساندت الثورة وثانيا الضغط علي الجانب الأمريكي من خلال إتهام بعض رعاياه العاملين في مراكز حقوقية بالتخطيط لتقسيم مصر والتخابر من أجل وقف مطالبات الإدارة الأمريكية للمجلس العسكري بسرعة تسليم السلطة.