أثارت استقالة داليا زيادة المدير التنفيذي لمركز ابن خلدون موجة من الجدل, ففي الوقت الذي اتهمت فيه داليا مدير مركزها بالانحياز للإخوان والاصرار علي معاداة النظام, أصر إبراهيم علي أنها خلدونية تتشبع بأفكار المركز مؤكدا حقها أيضا في الاختلاف ونصرة الدولة وفق ما تراه والخلاف في الرأي أمر طبيعي. في السياق ذاته أحدثت استقالة داليا زيادة حراكا علي صفحات التواصل الاجتماعي عبر خلاله النشطاء ومستخدمو موقع التواصل الاجتماعي عما سموه جدعنة البنت المصرية ووطنيتها, وسط عاصفة من التعليقات المؤيدة لرحيل داليا عن المركز. وكشفت الدكتورة داليا عن الأسباب الرئيسية وراء التقدم بالاستقالة أمس لرئيس المركز الدكتور سعد الدين إبراهيم قائلة: الخلاف بيني وبين الدكتور سعد مستمر منذ فترة وتحديدا منذ اطلقت الحملة الشعبية لإدراج الإخوان كتنظيم إرهابي دوليا علي عكس رغبته, وغيرها من المواقف التي احدثت تناقضا في الأداء بيني وبينه أولها فض اعتصام رابعة و30 يونيو. وقالت في تصريحات خاصة ل الأهرام المسائي إن السبب الرئيس الذي جعلني أتقدم بالاستقالة المقال الذي نشره الدكتور سعد أمس في جريدة المصري اليوم, وذكر فيه النشاط الذي قام به المركز في جنيف, ونيويورك دعما لصورة مصر, وأنكر المجهود الجبار الذي بذلته الجماعة الإرهابية لتشويه صورة مصر, بالإضافة إلي الادعاءات بأنني أطبل للحكومة, وان الدولة توظف امثالي من ذوي المصداقية في الخارج لتحسين صورتها.. الأمر الذي أرفضه تماما لأن ما أقوم به من خلال علاقاتي الدولية لم يخدم أحدا سوي مصر وبدافع وطني بحت. وأوضحت زيادة أنها لن تعود للعمل في المركز مرة أخري قائلة: سأواصل ممارسة ما أؤمن به إما من خلال الحملة الشعبية لادراج جماعة الإخوان كتنظيم إرهاربي دولي أو من خلال مركز بحثي مستقل سأعلن عن تأسيسه قريبا لافتة إلي أنه مازال معروضا عليها فرص كثيرة في أماكن أخري. من ناحية أكد الدكتور سعد الدين إبراهيم, مدير مركز ابن خلدون أنه من حق الناشطة الحقوقية داليا زيادة أن تتقدم باستقالتها من منصبها كمدير تنفيذي لمركز ابن خلدون بعد أن جاءت برغبتها, وطلبت أن تعمل به لفترة تصل إلي ثلاث سنوات. وقال إن المركز لديه مقوله شهيرة مأثورة تقول انك يمكن أن تخرج من ابن خلدون ولكن ابن خلدون لايخرج منك فهي ظلت تعمل بالمركز لفترة10 سنوات ثم تركته لمدة7 سنوات ثم عادت مرة اخري لتعمل به لمدة3 سنوات خلال الفترة الاخيرة من بعد انضمامها للمركز وهذا يثبت أن من يدخل مركز ابن خلدون يظل خلدونيا. وأضاف أن الخلافات المتعددةأمر طبيعي حيث تري داليا ان نصرة الدولة في الوقت الراهن امر يجب ان يكون وهذه وجهة نظرها والتي ترجع الي ان الدولة تواجه تحديات كبيرة ومتعددة منها تحديات داخلية وخارجية ونحن نخالفها في هذا الامر.
