أثارت التصريحات الأخيرة للدكتور خالد منتصر الكثير من الجدل على مواقع التواصل الاجتماعي، والتي قال فيها إن "ماء زمزم سام، والصوم يضر بالصحة"، وقام منتصر بتوضيح حقيقة تلك التصريحات عبر صفحته الرسمية على فيسبوك.. حيث قال "إن الندوة استغرقت ساعتين واقتطعت منها هذه الدقائق، وكانت تدور حول خطر ربط الدين الثابت بالعلم المتغير، وقلت إن هذا خطر على الدين والعلم على السواء، ذلك لأن المعلومة العلمية إذا تغيرت وكنت قد سقتها على أنها دين فسيتشكك المتدين، يعني كنت بدافع عن الدين وليس العكس". وحينها ساق منتصر بعض الأمثلة لشرح وجهة نظره ومنها "هل نحن نصوم لأن الصيام فريضة أم لأن الصيام مفيد للكبد والكلى، إذا سقنا المفهوم الثاني سيصبح خطرًا على الدين لأن ممكن عالم يقول إنه في اليوم الحار 18 ساعة بدون مياه لن تستفيد الكلى مثلما تقولون، وبالنسبة للحم الخنزير هل نحن لا نأكله لأننا أُمرنا دينيًا بذلك أم لأن فيه دودة التنيا سوليم؟، لو قلنا إنها الثانية واعتمدنا على ذلك فسيخرج علينا من يقول طب والبقر ماعندهم التنيا ساجيناتا". ويستطرد "أما بالنسبة لماء زمزم هو رمز ديني لكن تحويله لشفاء من كل شيء خطر على الدين من ناحية أنه ماذا لو خرج بحث مثل بحث د.فيصل شاهين -الباحث السعودى- يحذر فيه مرضى الكلى من تناول ماء زمزم لوجود بعض المعادن المضرة بالكلى؟ وهل السعوديون الذين يسكنون بقرب زمزم ويشربون منه أضعافًا مضاعفة لا يمرضون، يكفي أن نأخذ الرمز الديني، وبلاش نربطه بالطب ونحوله لعلاج لكل شيء الربط هنا خطير على الدين أولا وعلى العلم ثانيا". وتعليقًا على تصريحات منتصر، رصدت "بوابة الأهرام" ردود أفعال الشارع المصري التي تجلت في اتهامه بالتشكيك في الدين وأحاديث نبيه، ويقول أحد المواطنين "يجب أن نخضع العلم للدين وليس العكس لأن الدين ثابت والعلم متغير، والله عز وجل لا يخطئ". ويتابع آخر "لا يمكن لأي شخص أن يتحدث عن الإسلام وكلام منتصر عبارة عن آراء شخصية ليس لها علاقة بالدين"، واتهمه بأنه يدعو للإلحاد والبعد عن الدين. وتعلق إحدى السيدات "الله ورسوله لن يضروا المسلمين في شيء، أي كلام مُنزل في كتاب الله عز وجل هو صحيح". وهنا يصدق على كلامها الدكتور عبد الفتاح إدريس رئيس الفقه المقارن بكلية الشريعة والقانون بجامعة الأزهر، قائلاً "نحن في زمن التخصص الدقيق فيجب على كل إنسان أن يحترم تخصصه، فالقول أن ماء زمزم شفاء للأمراض علم وليس له علاقة بالدين فهذا يقتضي تكذيب رسول الله في قوله "طعامه طعم وشفاؤه سقم"، لذا لا يوجد مجال للتشكيك في هذه الحقيقة من قبل غير المتخصصين". واتفق الدكتور إدريس مع آراء بعض المواطنين، حيث قال "يجب مقاضاة منتصر أمام المحاكم بسبب تشكيكه في بعض ثوابت الدين التي ذُكرت في القرآن أو السنة"، معتبراً أن ذلك هو واجب على كل من يغير على دينه.
