أمرالمستشار خالد ضياء الدين المحامي العام بنيابة أمن الدولة العليا، بعرض الأشلاء البشرية الموجودة فى موقع التفجير الإرهابي، الذي استهدف وزير الداخلية على المعمل الجنائي، ومصلحة الطب الشرعي، وذلك لإجراء تحليل الحمض النووي، ومطابقتها بالمصابين في الحادث؛ وذلك لبيان ما إذا كانت تتطابق معهم أم أنها لانتحاري قام بتفجير نفسه. كما أمر المستشار ضياء الدين بطلب تحريات جهاز الأمن الوطني في شأن الحادث، وندب خبراء مصلحة الأدلة الجنائية؛ لتحديد سبب الانفجار على وجه الدقة، وكذا توقيع الكشف الطبي على المصابين بمعرفة الأطباء الشرعيين. وتوجه فريقان من محققي نيابة أمن الدولة إلى المستشفيات التي يتواجد بها المصابون في الحادث من أفراد وضباط الشرطة والمواطنين، لسؤالهم حول مشاهداتهم وأسباب إصاباتهم، حيث توجه الفريق الأول برئاسة محمد وجيه رئيس النيابة إلى مستشفى الشرطة، والفريق الثاني برئاسة رامي السيد إلى مستشفى التأمين الصحي، وقامت النيابة بمناظرة الإصابات، وسؤال جميع المصابين جراء الحادث الإرهابي ومعلوماتهم حوله. وقام محققو نيابة أمن الدولة بإشراف المستشار تامر الفرجاني المحامي العام الأول للنيابة، بإجراء معاينة كاملة لموقع التفجير، تضمنت معاينة ومناظرة السيارات المحترقة والعقارات التي تأثرت بسبب التفجير. وتبين لمحققي النيابة تعرض 3 سيارات ضمن موكب وزير الداخلية، لإطلاق نيران من خارجها بصورة مكثفة، بالإضافة إلى تأثر تلك السيارات بالتفجير. كما تبين أيضًا أن السيارة الخاصة بالوزير تعرضت لإطلاق نار، وبها آثار نتيجة الموجة الانفجارية. وأظهرت المعاينة أن الانفجار تسبب في هبوط أرضي لمسافة 5 سم على الأقل في موقع التفجير، كما تم العثور على أجزاء وقطع متناثرة لسيارة بعينها، دون غيرها من السيارات التي انفجرت، امتدت لمسافة تراوحت مابين 150 إلى 200 متر من بؤرة الانفجار، على نحو استدلت منه النيابة على قوة الانفجار والمواد المستخدمة في صناعة القنبلة المفجرة. وكشفت معاينة النيابة أيضًا عن امتداد آثار الموجة الانفجارية لمسافة بلغت نحو 200 متر من موقع الانفجار، على نحو تسبب في كسر النوافذ والواجهات الزجاجية على امتداد المسافة نفسها، بالإضافة إلى كسر وتحطيم ل "صاج وواجهات معدنية" لمحال تجارية بصورة كاملة، واحتراق وإتلاف العديد من السيارات المملوكة للمواطنين بشكل كلي لبعضها وجزئي لبعضها الآخر. وقام محققو النيابة بإجراء معاينة للعقارين اللذين تعرضا للانفجار بشكل رئيسي، حيث عثر بهما على آثار طلقات وأعيرة نارية وتبين امتداد آثار الانفجار للطوابق العلوية، وتم أيضا سؤال جميع سكان العقارين بكل الشقق بهما بمعرفة النيابة حول الحادث وظروفه ومشاهداتهم له. كما تم إجراء معاينات لعقارات أخرى على مسافة 150 مترًا وفي الجهة المقابلة والتي تبين تعرضها أيضا لأثار التفجير. وعثرت النيابة على أشلاء وبقايا بشرية متعددة، يرجح أن تكون إما لبعض المصابين في الانفجار، أو لانتحاري قام بتفجير نفسه، وهو الأمر الذي أمرت معه النيابة بإجراء تحليل الحمض النووي بمعرفة الطب الشرعي ومطابقته مع كل المصابين، للوقوف على حقيقة الأمر. وكلفت النيابة خبراء الأدلة الجنائية بإجراء التحليل الفني لأجزاء وقطع السيارة المتناثرة لمسافات بعيدة، للوقوف على السيناريو الأرجح لعملية التفجير، وما إذا كانت عملية انتحارية، أم أن القنبلة تم وضعها بتلك السيارة وجرى تفجيرها عن بعد، أو من خلال ميقات زمني. وتبين للنيابة من المعاينة وسؤال الشهود والمصابين، أنه بمجرد نزول وزير الداخلية من منزله بمنطقة مدينة نصر وركوب سيارته متجها إلى عمله، قام الموكب بالتحرك من شارع الواحة المتقاطع مع شارع أفريقيا، وفي أثناء التحرك والدوران تعرض الموكب لإطلاق أعيرة نارية بصورة مكثفة، أعقبه وقوع التفجير بثوان قليلة.
