أكد الدكتور سلامة عبد القوي، المتحدث الرسمي باسم وزارة الأوقاف، أن الدكتور على جمعة مفتى الديار المصرية عضو بالمجلس الأعلى للشئون الإسلامية بصفته الوظيفية، ونظرا لانتخاب مفتى جديد زالت عضويته بصفته الوظيفية واستمرت عضويته بشخصه كعالم جليل. مشيرا إلى أن ما يثار بوسائل الإعلام حول أخونة المجلس الأعلى للشئون الإسلامية ما هو إلا محض إفتراء وكذب وتضليل إعلامى وكل مايتخذة المجلس من قرارات تصدر طبقا للائحة الخاصة بالمجلس. وأوضح أن لائحة المجلس الأعلى للشئون الإسلامية تنص على أن كل عضو يتغيب عن حضور ثلاث جلسات للمجلس تبطل عضويته وأن العضوية بالمجلس بالصفة الوظيفية وتشمل جميع الكوادر العلمية بشخصهم من خارج الوزارة، وتطبيقا لهذه اللائحة تم إبطال عضوية الدكتور عبد الرحمن البر عميد كلية أصول الدين بالمنصورة وعضو مكتب الإرشاد بجماعة الإخوان المسلمون لتغيبه عن حضور ثلاث جلسات.