نفت وزارة الأوقاف على لسان المتحدث باسمها سلامة عبد القوى، زوال عضوية الدكتور على جمعة بالمجلس الأعلى للشئون الإسلامية بعد زوال صفته الوظيفية، وانتخاب خليفته مفتيا للديار المصرية، مؤكدة أن "جمعة" لازال عضوا بالمجلس كعالم جليل. وأكد "عبد القوى" أن ما يثار بوسائل الإعلام حول أخونة المجلس الأعلى للشئون الإسلامية، ما هو إلا محض افتراء وكذب وتضليل إعلامى، وكل ما يتخذه المجلس من قرارات تصدر طبقا للائحة الخاصة بالمجلس، وأن لائحة المجلس الأعلى للشئون الإسلامية تنص على أن كل عضو يتغيب عن حضور ثلاث جلسات للمجلس تبطل عضويته، وأن العضوية بالمجلس بالصفة الوظيفية، وتشمل جميع الكوادر العلمية بشخصهم من خارج الوزارة، وعلى سبيل ذلك تم إبطال عضوية الدكتور عبدالرحمن البر عميد كلية أصول الدين بالمنصورة وعضو مكتب الإرشاد بجماعة الإخوان المسلمين، لتغيبه عن حضور ثلاث جلسات.