كشفت وثائق "ويكيليكس" عن وجود تعاون وثيق بين المدير العام لقناة الجزيرة وضاح خنفر ووكالة الاستخبارات العسكرية الأمريكية DIA، وعن تلقي الإعلامي الفلسطيني تقارير شهرية من الوكالة عن أداء "الجزيرة" في تغطية الأحداث المرتبطة بأمريكا ومصالحها. يعود تاريخ الوثائق المنشورة إلى 20 (أكتوبر) 2005، وتكشفت عن تعاون وتنسيق دوريين بين وكالة الاستخبارات العسكرية والمدير العام ل"الجزيرة" من خلال مسئولة الشئون العامة الأمريكية. وحسب "ويكيليكس" فإنه وخلال اللقاءات بين الطرفَين، تعهّد خنفر تعديل الأخبار التي تزعج الحكومة الأمريكية أو حذفها تمامًا. تخرّج خنفر من كلية الهندسة في الجامعة الأردنية عام 1990، والتحق بعدها بقسم الفلسفة في كلية الآداب، ثمّ أكمل دراسته في العلاقات الدولية في جنوب إفريقيا. التحق بالفضائية القطرية صحافيًّا في قسم الرياضة، ليجد نفسه لاحقًا في قسم المراسلين في القناة الإخبارية، حيث عمل مراسلاً من جنوب أفريقيا لتغطية الأحداث في القارة السمراء. ثم وصل إلى الهند لتغطية تداعيات الحرب على أفغانستان بعد أحداث 11 (سبتمبر) 2001. لاحقاً، التحق بزميله تيسير علوني في أفغانستان بعد سقوط «حركة طالبان» وقصف مكتب «الجزيرة» في كابول، حيث عمل مراسلاً للقناة طيلة خمسة أشهر. ومن أفغانستان إلى العراق، قام خنفر بتغطية أخبار العمليات العسكرية للاحتلال الأمريكي في مختلف محافظات بلاد الرافدين، قبل أن يتسلم إدارة مكتب «الجزيرة» في بغداد. وكانت هذه المرحلة تحديدًا هي نقطة التحول في مسيرته الإعلامية، فانتقل بعدها من مراسل ميداني إلى إدارة شئون القناة الإخبارية في الدوحة عام 2003. وفي (فبراير) من عام 2006، عُيِّن مديرًا عامًا ل"شبكة الجزيرة"، التي تضم مختلف القنوات والمؤسسات التابعة ل"الجزيرة"، بما فيها القناتان الإخباريتان العربية والإنجليزية، و«الجزيرة الوثائقية» والقنوات الرياضية. أما السرّ الحقيقي لهذه النقلة السريعة من العمل الميداني إلى مكاتب الإدارة، فيبقى لغزًا لا يعرف تفاصيله سوى خنفر نفسه، والجهات القطرية التي قرّرت نقله إلى مكاتب الدوحة.. وإن كان بعضهم يؤكّد أن أمير دولة قطر حمد بن خليفة آل ثاني اختاره شخصياً خلفًا للقطري جاسم العلي. وقد يكون أبرز ما قيل من انتقادات للرجل، ما صدر عن إعلاميين استقالوا من المحطة احتجاجًا على سياسته. هكذا قال الإعلامي المصري حافظ الميرازي: "خنفر شخص مهذب، لكنّه يفتقر إلى الخبرة الصحافية المطلوبة لإدارة محطة مماثلة، فلا يكفي مثلاً أن تكون مراسلاً نشيطًا لتصبح مديرًا لقناة بحجم "الجزيرة". أما لينا زهر الدين، فقالت: "ما تغير في الجزيرة بعد وصول وضاح خنفر إلى إدارتها هو طريقة تعاطيه المتعالية مع الموظفين، وإغلاق أبوابه أمامهم، حتى وصل به الأمر إلى إلغاء الاجتماعات الخاصة بالمذيعين، واجهة القناة، كما أنه صرف العديد من أفراد الطاقم القديم، واستبدله بمستشارين ومساعدين لا عدّ لهم ولا حصر. كان يتدخل في كل كبيرة وصغيرة تخص المذيعات، إلى درجة أنه وصفهن بتماثيل الشمع، وأصدر تعميمًا منعهن فيه من انتعال الكعب العالي".
