نشرت ويكليكس وثائق يعود تاريخها إلى 20 أكتوبر 2005، تكشف عن وجود تعاون وثيق بين المدير العام لقناة الجزيرة وضاخ خنفر ووكالة الاستخبارات العسكرية الأمريكية من خلال مسئول الشئون العامة الأمريكية . وأشارت ويكليكس إلى أنه أثناء اللقاءات بين الطرفين كان يتعهد خنفر بتعديل الأخبار التي تزعج الحكومة الأمريكية أو حذفها تماما. وجدير بالذكر أن خنفر التحق بالفضائية القطرية كصحافيا في قسم الرياضة ليجد نفسه بعد ذلك في قسم المراسلين في القناة الإخبارية، حيث قام بتغطية أحداث الحرب في العراق وأفغانستان وقام بعد ذلك بتغطية أخبار العمليات العسكرية للاحتلال الأمريكى في مختلف محافظات بلاد الرافدين وكانت هذه المرحلة هي نقطة التحول في مسيرته الإعلامية، فانتقل بعدها من مراسل ميداني إلى إدارة شئون القناة الإخبارية. وفى عام 2006 عين مديرا عاما لشبكة الجزيرة التى تضم مختلف القنوات والمؤسسات التابعة للجزيرة، ولكن السر الحقيقي لهذه النقلة السريعة في حياته العملية سيبقى لغزا لا يعرفه أحدا.