طالب د. محمد إبراهيم وزير الآثار الإدارة الهندسية للقوات المسلحة بإيقاف أعمال الترميم والتدعيم الجارية لمبني المجمع العلمي وذلك لعدم مراعاة البعد الأثري للمبني أثناء التنفيذ باستخدام الخرسانة المسلحة في إعمال الترميم مخالفة بذلك قانون حماية الآثار. وصرح د. محمد إبراهيم بأنه طالب أيضا الإدارة الهندسية للقوات المسلحة بإفادة وزارة الآثار بمشروع الترميم كاملا لدراسته فنيا من قبل اللجنة الأثرية والفنية المختصة وعرضه علي اللجنة الدائمة للآثار الإسلامية والقبطية وفقا للقانون وإبداء الرأي فيه قبل تنفيذه. وفي تطور آخر أكد الوزير أن القطعتين الخاصتين بكسوة الكعبة المشرفة واللتين سرقتا أمس الأول من قبة أفندينا بمنشية ناصر غير مسجلتين كأثر ولا تخضعا للقانون711 لحماية الآثار لسنة.3891 وأشار إلي أن جميع مقتنيات القبة غير مسجلة وتقع في حيازة وزارة الأوقاف, يذكر أن القطعتين تم إهداؤهما لضريح والدة عباس باشا الأول مبني القبة مدفنا للخديوي توفيق الذي أنشيء عام4981 وسجل المبني وحده كأثر عام.1002