أثار تقرير الجهاز المركزى للمحاسبات، عن حسابات النقابة العامة للأطباء والتى عرضها مندوبو الجهاز خلال الجمعية العمومية، العديد من المشادات وحالة من الهرج فى الجمعية العمومية. وأكد مندوبو الجهاز، وجود العديد من المخالفات، منها عدم اتباع النقابة المبادئ المحاسبية المتعارف عليه، وانعدام الرقابة على حاسبات الداخلية، وعدم تحقيق دورة مستندية للرقابة على المصروفات والإيرادات، ووجود عجز فى حاسبات النقابة الخلط بين حسابات لجنة الإغاثة الإنسانية وحسابات النقابة العامة للأطباء. من جانبه، أكد مسئولو النقابة أنهم لن يتهاونوا فى إحالة المخالفات فى حال ثبوتها إلى الجهات المختصة، مشيراً إلى أن ما تم عرضها مجرد ملاحظات سيتم الرد عليها، وأنها لم تصل المجلس إلا قبل انعقاد الجمعية العمومية بساعة واحدة.