فجرت شركة عمر أفندى أزمة جديدة، بعد امتناعها عن تسليم قوائمها المالية عن العام المالى 2008، ولكن هذه المرة ليست مع المعارضين لبيع الشركة أو مبانيها الأثرية، ولكن مع إدارة البورصة. بدأت الأزمة عندما تأخرت الشركة فى الإعلان عن قوائمها المالية عن العام الماضى، وهو ما أدى إلى إعلان إدارة البورصة إيقاف السهم أوتوماتيكيا، حيث إن الشركة غير متداولة. قررت لجنة القيد فى جلستها المنعقدة بتاريخ 18/2/2009 منح الشركة مهلة قدرها 15 يوما لإرسال القوائم المالية الكاملة عن الفترة المالية المنتهية فى 31/12/2008، وإنذار الشركة بأنه سوف يتم إيقاف التعامل على أسهما بعد 15 يوما من تاريخ إخطارها بقرار لجنة القيد، على أن يكون ذلك لمدة شهر، وفى حالة عدم الالتزام يتم إعادة عرض موقف الشركة على لجنة قيد وشطب الأوراق المالية للنظر فى شأنها، مع العلم أنه تم إخطار الشركة بتاريخ 18/2/2009. ترددت شائعات مؤخرا عن عزم رجل الأعمال الشهير الخرافى شراء نسبة كبيرة من الشركة فى صورة أسهم إذا ما تم طرحها للبيع للمستثمرين فى البورصة، ومعروف أن العقد المبرم بين المالك الحالى - القنبيط - والحكومة نص على أنه لا يجوز للمالك بيع أى أصول للشركة إلا عن طريق البورصة، لكن البيع عن طريق البورصة لا يصح أيضا إلا بموافقة 57% من حملة الأسهم بعد موافقة مجلس الإدارة والجمعية العمومية غير العادية. مازالت المشكلة مستمرة والشركة مصرة على أنها تتعرض لخسائر كبيرة، فى حين تؤكد الشركة القابضة للتشييد وهى المالك الثانى وممثل المال العام فى الشركة أن "عمر أفندى" تقدم قوائم غير صحيحة لمحاولة الضغط على وزارة الاستثمار للموافقة على بيع جانب من الأصول بما فيها الفروع الأثرية، وهناك دعوى تنظر الآن فى المحاكم للفصل فى مدى أحقية الشركة فى بيع أصولها.