قرر العاملون بصندوق آثار النوبة التوجه بشكوى رسمية ضد الدكتور محمد إبراهيم وزير الآثار، وذلك بسبب تصريحات الوزير خلال اجتماعه مع العاملين بالصندوق بأنه صرف 100 مائة مليون جنيه من المبالغ المخصصة لمشروعات صندوق إنقاذ آثار النوبة، حتى تتمكن الوزارة من دفع مرتبات العاملين، ولصالح مشروعات المتحف المصرى الكبير ومتحف شرم الشيخ ومتحف الصحراء بالداخلة. وأثار هذا التصرف غضب العاملين بالصندوق الذين قالوا فى بيان حصل "اليوم السابع" على نسخة منه، إن صندوق آثار النوبة مستقل ماليا وإدارياً عن الوزارة، مؤكدين أن الوزارة حصلت على قرض بقيمة 350 مليون جنيه من وزارة المالية لدفع رواتب العاملين، كما أن هناك اتفاقية تنص على أن يتم تمويل مشروع إنشاء المتحف القومى للحضارة المصرية بنسبة 40% من صندوق إنقاذ آثار النوبة و60% من قطاع التمويل بالمجلس الأعلى للآثار، وعلى الرغم من ذلك لم يسدد قطاع التمويل حصته بمشروع متحف الحضارة التى سوف تبلغ مع نهاية العام المالى بشهر يونيه مديونيات قدرها 150 مليون جنيه. وأوضح العاملون أن صندوق آثار النوبة سيصبح مديناً بحوالى 26 مليون جنيه للشركات المنفذة للمشروع، وبدلاً من أن يقوم الوزير بسداد مديونيات صندوق التمويل المستحقة للمشروع يقوم باستغلال سلطته ونفوذه كوزير بالاستيلاء على المبلغ المخصص من صندوق إنقاذ آثار النوبة، لاستكمال المرحلة الثانية من مشروع متحف الحضارة، والذى فى أمس الحاجة إلى حوالى 600 مليون أخرى لاستكمال المرحلة الثالثة مما يهدد المشروع بالتوقف. وأكد العاملون أن هذا القرار مخالف لكل الاتفاقيات الدولية التى تمت، موضحين أن الوزير حصل على قرض بقيمة خمسة مليارات جنيه للصرف على مشروع المتحف الكبير، وسوف يقوم قطاع التمويل بسداد هذه المبالغ، كذلك يوجد متحف حالى بالداخلة لا يزوره أحد، وهو ما يجعل تصرف الوزير بمثابة إهدار للمال العام. وعلم العاملون بمتحف الحضارة أن الوزير أرسل خطابا لمكتب اليونسكو بالقاهرة، يطالبهم بدعم تمويل مشروع إنشاء المتحف المصرى الكبير مالياً أسوة بتمويل متحف الحضارة، متسائلين "أين دور الجهات اليابانية المانحة لتمويل مشروع المتحف الكبير، وأين القرض اليابانى الذى حصلت عليه الوزارة من مؤسسة الجايكا لإقامة هذا المتحف؟".
