يحظى ملف الكنائس المغلقة وغير المرخصة باهتمام كبير من القيادات الكنسية حتى أن البند الخاص بتقنين أوضاعها فى قانون بناء الكنائس قد شهد جدلا كبيرًا أثناء العمل على إعداد القانون، وبمجرد إقراره فإن الحكومة مطالبة بتشكيل لجنة وزارية لإعادة فتح الكنائس المغلقة وتوفيق أوضاع غير المرخصة خلال عام من إقرار القانون، ويعتبر مراقبون للشأن القبطى أن العمل على تقنين أوضاع تلك الكنائس أحد أهم التحديات التى تواجه تطبيق قانون بناء الكنائس الذى صار فى حيز التنفيذ. وفى سياق متصل كشف مصدر كنسى، عن الاحصاء المبدئى للكنائس الأرثوذكسية غير المرخصة التى تقام فيها الشعائر بمختلف محافظات الجمهورية مؤكدًا أن العدد يقترب من الألفين كنيسة تنتظر تقنين أوضاعها بعد اقرار قانون بناء الكنائس الجديد. وقال المصدر (الذى رفض نشر اسمه) ل"اليوم السابع" أن الكنيسة الأرثوذكسية اضطرت لبناء كنائس غير مرخصة وبيوت للصلاة فيها وحولت مبانى خدمات إلى كنائس، وكذلك كنائس أثرية أخرى تنتظر تصاريح من وزارة الآثار بعد أن تعقدت مسألة بناء الكنائس فى السنوات الأخيرة مع تزايد أعداد السكان واحتياجهم لبناء دور عبادة فى مختلف محافظات الجمهورية. وأوضح المصدر، أن الكنائس غير المرخصة قد تم بناءها وممارسة الشعائر فيها بالتنسيق مع الجهات الأمنية فى القرى والمدن والمحافظات، مع وجود كنائس أثرية تحتاج إلى التنسيق مع وزارة الآثار من أجل تقنين أوضاعها لافتًا إلا أن الاجراءات القانونية المعقدة حالت دون إشهار عدد من الكنائس بشكل رسمى و أن قانون بناء الكنائس الجديد سوف يعمل على حل مشكلة الأوراق الثبوتية الخاصة بتلك الكنائس. فيما أكد الدكتور إيهاب رمزى البرلمانى السابق، ومحامى الكنيسة فى عدد من القضايا أن الإحصاءات التى قامت بها الكاتدرائية تكشف عن وجود 254 كنيسة أرثوذكسية مغلقة لدواعى وأسباب مختلفة بعضها أسباب أمنية. وقال رمزى لليوم السابع، أن الكاتدرائية كلفت الإيبراشيات التابعة لها فى القاهرةوالمحافظات بتقديم كشف بالكنائس المغلقة سواء لأسباب أمنية أو لوجود مشكلة مع وزارة الآثار من أجل مخاطبة الوزير المختص بذلك لتقنين أوضاعها بعد صدور قانون بناء الكنائس الذى يقضى بفتح الكنائس المغلقة وتقنين أوضاع غير المرخصة. وأوضح رمزى أن الكنيسة لم تتقدم بعد إقرار قانون بناء الكنائس بكشوف بأسماء الكنائس المغلقة للسلطات المختصة وإن كانت قد طالبت بفتحها فى مرات سابقة. وضرب رمزى المثل بكنيسة القديسة دميانة بمنطقة الملكية بمدينة ملوى وهى كنيسة مغلقة لأسباب أمنية منذ ما يقرب من 35 عام مطالبًا بضرورة فتح الكنائس المغلقة لاستيعاب الزيادة السكانية وحاجة السكان للصلاة. كان الأنبا بيمن رئيس لجنة الأزمات بالمجمع المقدس قد أكد لليوم السابع فى وقت سابق، أن الكنيسة تعمل على إعداد قوائم بالكنائس غير المرخصة التى تقام فيها الشعائر منذ وقت طويل بالإضافة إلى قائمة أخرى بالكنائس المغلقة لأسباب أمنية.
