أودع حرس محكمة جنايات القاهرة المتهمين فى "خلية الظواهرى" قفص الاتهام لبدء محاكمتهم، وفى مقدمتهم محمد الظواهرى شقيق أيمن الظواهرى زعيم تنظيم القاعدة فى قضية اتهامهم بإنشاء وإدارة تنظيم إرهابى مرتبط بتنظيم القاعدة. وكشفت تحقيقات النيابة أن المتهمين من العناصر الإرهابية شديدة الخطورة قاموا بإنشاء وإدارة تنظيم إرهابى يهدف إلى تكفير سلطات الدولة ومواجهتها بالسلاح، لتغير نظام الحكم بالقوة، والاعتداء على أفراد وضباط القوات المسلحة والشرطة واستهداف الأقباط ودور عبادتهم واستحلال أموالهم وارتكاب أعمال إرهابية بهدف نشر الفوضى فى البلاد.