كشفت تحقيقات نيابة أمن الدولة العليا فى القضية رقم 628 لسنة 2009 حصر أمن دولة عليا، والمعروفة إعلاميا باسم قضية «خلية الزيتون»، عن مفاجآت جديدة أولها ظهور قائد جديد للتنظيم، بخلاف «محمد فهيم حسين» الذى اعتبرته الداخلية قائدا للتنظيم. وكشفت أن قائد التنظيم محمد خميس أعلى عنصر قيادى فى المجموعة، وأنه ترأسها فى أكتوبر 2007 بالاشتراك مع أحمد شعراوى، وياسر عبدالفتاح، وفرج رضوان. وأن خميس اعتنق فكر التكفير والهجرة منذ عامين، وأقنع عددا من أصدقائه من القاهرة والقليوبية بفكره، وكون النواة الأولى لتنظيم الزيتون باسم «الولاء والبراء»، ويتكون من: أحمد شعراوى، وياسر عبدالفتاح، وفرج رضوان، وأخيرا أحمد سيد محمود الذى استقطب عددا من الشباب بالقرب من محل إقامته بالمنصورة، بقريتى كوم الدربى والتلبانة، وكون مجموعة مستقلة من 13 فردا وهم: محمد فهيم حسين، وخالد عادل، وأحمد عادل، ومحمد صلاح، ومحمد حسين، وعادل الغريب، وأحمد عزت، وسمير عبدالحميد، وأحمد السيد ناصر، وسامح محمد طه، وإبراهيم أحمد، وأحمد سعد العوضى، وأحمد فرحان.وبالتالى أصبح هناك مجموعتان، الأولى فى القاهرة ويترأسها محمد خميس، والثانية فى المنصورة ويترأسها أحمد السيد محمود. كما كشفت تحقيقات النيابة، أن خلافا وقع بين محمد خميس وأحمد سيد محمود على تولى إمارة الجماعة بأكملها، حيث طلب خميس من سيد محمود أن يبايعه أميرا أمام مجموعة المنصورة، لكن سيد محمود رفض، فاتفقوا على أن تكون الشورى جماعية ويكون لخميس القرار النهائى. وكشفت اعترافات المتهمين فى التحقيقات، أن محمد فهيم كان المحرك السياسى للمجموعة، وأشارت اعترافات ياسر عبدالفتاح إلى أن فهيم استطاع عبر الإنترنت التوصل إلى تصميمات هندسية لمحركات طائرة بدون قائد، وسيارة بدون سائق، وكان يشرع فى تلقى دورة تدريبية فى الغطس. كما نجح فى التواصل مع أفراد من فلسطين والعراق، وكان يرسل إليهم كل التصميمات التى يتوصل إليها، سواء اتخذ قرارا من قبل المجموعة بتنفيذها فى مصر أو لا. أشار أحمد السيد فى اعترافاته إلى أن محمد خميس، دعا 5 من أعضاء المجموعة للالتقاء فى قطعة أرض يملكها والده بعزبة عبدالقادر بمدينة العامرية بالإسكندرية، لتنفيذ التصميمات التى توصل إليها محمد فهيم، مع تجريب الدوائر الكهربائية التى بحوزتهم وجهاز «الجى بى إس». كما أن مجموعة المنصورة كانت على علم بقيام مجموعة القاهرة بتنفيذ حادث الزيتون، وبعد فشل محمد خميس وفريقه فى تنفيذها، طلب خميس من فهيم وأحمد سيد محمود أن ينفذا نفس السيناريو مع أحد أكبر محلات الذهب بالمنصورة، وثار الجدل على ذلك كثيرا، لكنه فشل ولم يتم تنفيذه.
