أكدت العديد من المصادر أن نظام الرئيس المعزول محمد مرسي التابع لجماعة الإخوان كان متواطئا مع تنظيم القاعدة وكثير من الجماعات الجهادية الأخرى والمنظمات الإرهابية في سيناء بدعم من الولاياتالمتحدةالامريكية. وتزعم مجلة فرونت بيج التابعة لمركز ديفيد هورويتز للحريات أن نبيل نعيم الزعيم السابق لجماعة الجهاد الإسلامي المصري والتي كان يرأسها ايمن الظواهري قبل اندماجها مع تنظيم القاعدة هو من اطلق مؤخرا هذه الادعاءات التي وصفتها الصحيفة بالفاضحة خاصة بشأن علاقات الجماعة مع حكومة الولاياتالمتحدة من خلال برنامج تليفزيوني عرض على شاشات التلفاز. وقالت المجلة: "إن نعيم أكد أن فكرة المصالحة مع الإخوان ما هي الا مؤامرة من قبل الإدارة الامريكية وان جماعة الإخوان خانت السيادة المصرية بتحالفها معها كما أشار إلى اعطاء الجنسية المصرية ل 60 ألف فلسطيني". وأشارت المجلة إلى توضيحات نعيم حول علاقة الجماعة بحركة حماس وتنظيم القاعدة إذ صرح بأن الأمن المصري يملك التسجيلات الهاتفية التي جرت بينها وبين مرسي خاصة مع ايمن الظواهري زعيم تنظيم القاعدة. وأضاف نعيم أن حماس هي وراء كل ما يحدث بسيناء وان جماعة الإخوان لديها تعاون وثيق مع الجهاديين والإرهابيين في سيناء.
