هناك الكثير من التحديات التي تواجه وزارة النقل بعد 47 يوم ومنها سرقة بعض قطع الغيار وسرقة قضبان السكك الحديد والحديد الخردة، في ظل تراجع الوجود الأمنى لتأمين ورش الهيئة وقطع الغيار والقطارات التي تم تخزينها بسبب عدم التشغيل، إضافة إلى ظاهرة التعدى على أملاك الهيئة ووضع الأيدى عليها، فقد شهدت السنة الماضية هجمة قوية لسرقة الأراضي المملوكة لهيئة السكك الحديد نظرا لإهمال الهيئة في استغلالها، بالإضافة إلى أزمة خسائر السكك الحديد والتي تصل إلى نحو مليار جنيه سنويا، وهى القضية التي فشل في التعامل معها كافة وزراء النقل السابقين. وكذلك مشكلة تمويل مشروعات النقل المختلفة، خاصة تمويل مشروعات الخط الرابع لمترو الأنفاق والمرحلة الثانية من الخط الثالث، وغيرها من مشروعات تطوير السكك الحديد من خلال الصكوك الإسلامية ،غير أن موقف الدولة من «الصكوك» أصبح غير واضح، مما يهدد بتوقف العديد من مشروعات النقل ويهدد بكارثة قد تؤدى إلى مشكلات في مترو الأنفاق والسكك الحديد والطرق والكبارى. وستواجه وزير النقل مشكلة في قطاع السكك الحديد وهى مشكلة إعادة هيكلة الأجور، والتي عادت إلى نقطة الصفر بعد إقالة الحكومة الماضية وتعيين حكومة جديدة، ومن المؤكد أن الفترة القادمة -بعد إعادة تشغيل السكك الحديد- سوف يكون أول مطالب عمالها هو إعادة هيكلة الرواتب وبشكل سريع. وفى قطاع الطرق تحاصر الوزارة العديد من المشاكل وأهمها مشكلة شق الطرق الجديدة، التي تأخرت بسبب نقص التمويل، ومشكلات إعادة تأهيل الطرق وتوسعتها، مثل وصلة طريق «القاهرة- الإسكندرية» الزراعى، والدائرى الإقليمى، التي تأجلت لنقص التمويل، وتتجه الحكومة إلى ترسية هذه المشروعات على شركات المقاولات الحكومية بسبب نقص التمويل. كما تواجه وزارة النقل مشكلة أخرى هي «أزمة المقطورات» التي يتم تأجيلها منذ عدة سنوات، ولم يستطع أي وزير حلها، حتى أن الوزير الجديد أصدر قرارا بمد العمل بالمقطورات لمدة عام آخر، بدأ في أغسطس الماضي ويستمر حتى أغسطس القادم.