بدأت علاقة الشيخ «محمد متولى الشعراوى» بالإخوان المسلمين حين كان يلتقى يوميا بالشيخ «حسن البنا» مؤسس الحركة، وذلك فى مقر الجماعة بشارع «كعب الأحبار» خلف مدرسة «السنية» بحى السيدة زينب. ويحكى «الشعراوى» فى أحاديثه: إنه أحب «البنا»، وانبهر بعلمه الغزير وجاذبيته، ومن الذين كانوا يشاركونه لقاء «البنا» الشيخ «أحمد حسن الباقورى» عضو مكتب الإرشاد، فيما كتب «الشعراوى» أول منشور أصدره الإخوان المسلمين بالقاهرة بخط يده، وأرسله إلى الشيخ «الباقورى»؛ لأخذ رأيه فيه, فعلق «الباقورى»: "هو حد يقدر يقول بعدك حاجة يا «شعراوى»، ومن ينسى مواقفك العظيمة، وما تقوله فى الأزهر". ويقول المنشور: "إن الإسلام منهج الله، وإن الله عز وجل هو الذى خلق الإنسان، وإن الله أولى بأن يمنهج للإنسان غايته التى خلق من أجلها وحركة حياته، وإننا نريد أن ننشئ شبابًا مسلمًا حقًا، وإن نعطى له مناعة ضد وافدات الحضارة المزيفة التى تريد أن تعزل الأرض عن السماء". وفى عام 1938 وقع خلاف بين «الشعراوى» و«الإخوان» بسبب إصدار «الشعراوى» قصيدة شعرية امتدح فيها الزعيم الوفدى «مصطفى النحاس»، اثناء احتفالية بذكرى «سعد زغلول»، وغضب «حسن البنا»؛ لامتداحه «النحاس باشا», وفى جلسة جمعت بين «الشعراوى» و«البنا» ومجموعة من الإخوان هاجموا «النحاس» واثنوا على «إسماعيل صدقى», فاعترض «الشعراوى» وقال: "ليس هناك سوى النحاس باشا؛ لأنه رجل طيب, ونقى، وورع, ويعرف ربنا، وليس هناك داعى لأن نعاديه" . فرد عليه أحد الإخوان: "إن النحاس هو عدونا الحقيقى، وهو أعدى أعدائنا؛ لأنه زعيم الأغلبية التى تقف أمام شعبيتنا, أما غيره من الزعماء، والحزبيين فنحن نستطيع أن نبصق عليهم جميعا". ويقول «الشعراوى»: "عرفت ليلتها نيات الإخوان، وإن المسألة ليست مسألة دعوة، وجماعة دينية فقط، وإنما هى سياسة، وأغلبية، وأقلية، وطموح للحكم, فى تلك الليلة اتخذت قرارى بالابتعاد عن الجماعة، وقلت لهم سلام عليكم". وقال «الشعراوى»: "إن خيبة أى داعية هى أن يستعجل ثمرة دعوته"، وقال أيضًا: "انفصلت عن الإخوان عندما أدركت أن هدفهم الوحيد هو الحكم، والرغبة فى الوصول إلى كرسى الحكم، وهدف أسمى لكل الأحزاب السياسية، وأن أخذ رجال الدين نصيبهم من الدنيا أمر مشروع، لكن غير المشروع أن تصبح السلطة هدفًا رئيسيًا، تسقط دونه القيم، وأن ينقسم الناس" . وقال مخاطبًا الإخوان المسلمين بعد الثورات: "كنتم شجرة ما أروع ظلالها, وأروع نضالها, رضى الله عن شهيد استنبتها.. وغفر الله لمن تعجل ثمرتها".
