منذ تسعينيات القرن الماضي، شهدت محافظة قنا الكثير من الحوادث الإرهابية سواء داخلها أو عن طريق تورط أحد أبناء المحافظة في تنفيذ العمليات تلك، وقتها بدأت منظمات المجتمع المدني تبحث عن أسباب هذا الأمر، وخرجت أصوات لتعدد الأسباب تلك التي جاء في مقدمتها وجود الكثير من التيارات الدينية المختلفة التي بدأت في الانتشار في قرى المحافظة إلى أن جاء الحادث الإرهابى الشهير بمعبد الكرنك. متابعة الأمر داخل قرى ومراكز قنا، كشف أن هناك مجموعة من القرى وجدت بها بعض التيارات المتشددة، فضلا عن وجود قرى أخرى تأوى الإرهابيين نظرا لطبيعتها الجبلية الوعرة وصعوبة وصول الأجهزة الأمنية إليها. ورغم محاولات الدولة تنمية قرى قنا والمداهمات التي نفذتها قوات الأمن لضبط العناصر الإرهابية، فإن الأمن لم يقتلع جذور الفكر المتشدد من قرى المحافظة. ومنذ ما يقرب من عام، شهدت عدة قرى في المحافظة محاولة بعض العناصر المتطرفة نشر بعض الأفكار المتشددة المتطرفة من خلال بناء بعض الزوايا كما حدث في قرية الإشراف، حيث قام المتهم عمرو عباس بتفجير "كنيستى طنطا والإسكندرية" ببناء زاوية بمنطقة جبلية في قريته وتم متابعتها من قبل وزارة الأوقاف إلى أن تمكنت من إغلاقها منذ أكثر من عام تقريبا. زاوية نجع الحجيرى التابعة لقرية الظافرية بمركز قفط جنوب محافظة قنا، التي أقامها منفذ تفجير كنيسة طنطا ممدوح البغدادي، هو ومجموعة من أبناء النجع الذين اعتنقوا نفس الفكر الذي يرفض الصلاة وراء أئمة الأوقاف، ويرفض أن تتم الصلاة على النبى محمد صلى الله عليه وسلم بعد الصلاة في المسجد، أو إقامة أي حلقات ذكر داخل الزاوية بدعوى أنه فكر الصوفية، وعثر بتلك الزاوية بالمكتبة الخاصة على سلسلة كتب تفاسير القرآن تحت عنوان "في ظلال القرآن" لسيد قطب وكتب تحمل عناوين "في التفكير لأداء السنة" وكتب تدعو إلى "هجر المجتمع حيث يعيش في الجاهلية" ومجموعة كتب "سلاسل المنهجية في الخطب السرية" و"لا حتى لا نخدع هم العدو فاحذروهم". تجدر الإشارة هنا إلى أن هناك مجموعة من الزوايا التي تم إغلاقها بقرى أخرى بهدف منع نشر الفكر المتطرف، فضلا عن انتشار الفكر الشيعى في بعض القرى، وهو الأمر الذي دفع مديرية الأوقاف لإرسال الكثير من قوافل توعوية لمحاربة الفكر المتطرف. وفى عام 2014 خرج الشيخ قرشي، خطيب وإمام مسجد، نقيب الأئمة والدعاة، أحد قاطنى قرية الإشراف ليفجر مفاجأة من العيار الثقيل، حيث أعلن وجود بؤر لتنظيم داعش الإرهابى بمحافظة قنا في قرى الإشراف والمعنا والجبلاو في مساجد بعينها ويعتلون تلك المنابر ويبثون أفكارًا تكفيرية داخل المجتمع القنائي، إلا أن الأجهزة الأمنية استهانت بتلك التصريحات، وخرجت في تصريحات تنفى فيها عدم وجود أي خلايا تكفيرية تنضم لداعش بقنا أو مصر بالكامل، وخضع هذا الشيخ للتحقيق معه بالأجهزة الأمنية وتم مجازاته بخصم10 أيام من راتبه بسبب بث تلك التصريحات في وسائل الإعلام، غير المدروسة التي أدت إلى حدوث بلبلة في المجتمع القنائى آنذاك. ومنذ هذا الوقت بدأت الكثير من تلك الخلايا التي أعلن عنها "قرشى" في 21 مسجدا، ووصل الأمر إلى مطالبته وزارة الأوقاف بالتدخل للسيطرة على مساجد المحافظة التي اعتبرها تصدر الفكر التكفيرى لشباب المحافظة، كما دعا الحكومة إلى عدم تهميش شباب الصعيد والاهتمام به.