العديد من الملفات تنتظر البابا الجديد، ومن أكثر الملفات سخونة والتي يطالب بها الأقباط ألا ينشغل البابا الجديد بالسياسة، وأن يتركها ليتفرغ للجانب الروحانى الذى يفضله الأقباط فى المرحلة القادمة عن السياسة , بالإضافة لتغيير لائحة 57 و38, وأن يهتم بالفقراء والمساكين والسلام والأمن الاجتماعى . المفكر القبطى جمال أسعد يؤكد أن أهم الملفات التى تنتظر البابا هى تغيير لائحة 57, ولائحة 38 والدور الاقتصادى للكنيسة وإدارة المدارس الملية , بشكل مؤسسى, دور العلمانيين لابد أن يعود للكنيسة ويتفرغ رجال الدين للجانب الروحى . ومن أهم الأمور التى يجب أن يهتم بها البابا الجديد – حسبما قال أسعد – عودة الكنيسة لوضعها الروحى، وليس الاهتمام بالماديات, فقد بنينا كنائس وأديرة وتوسعنا وخرجنا لجميع أنحاء العالم, نريد الآن البناء الروحى , مشيراً الى عدم مقارنة البابا الجديد بالبابا شنودة، الذي كان شخصية استثنائية فى ظروف استثنائية انتهت، ولن نستنسخ البشر, وتابع: نريد إدارة الكنيسة بشكل جماعي,وإذا كان البابا شنودة قد لعب دوراً سياسياً فهذا كان على حساب الكنيسة والأقباط, فالدور السياسى يقوم به كل مصرى سواء مسيحيا أو مسلما وهذا حقه كفله له القانون والدستور, أما البابا والكنيسة فليس دورهم أن ينوبوا عن المسيحيين سياسياً, وليس دورهما الدفاع عن دور المسيحيين خارج الكنيسة، لكن هذه مهمة الدولة، وعندما أخذت الكنيسة هذا الدور فشلت لأنها ليست مؤهلة لأن تقوم مكان الدولة . وأضاف أسعد أن تدخل الكنيسة فى مشاكل الأقباط حولها لمشاكل طائفية، وليس سياسية، مما جعل الشعب المصرى المسلم يتصور أن هذه المشاكل لا تخصه ولا تعنيه، ورأى أن الكنيسة هى التى تنسق مع الدولة، حتى أن المصرى المسلم البسيط يتصور أن المسيحى يجد من يدافع عنه، وهو لا يجد من يدافع عنه، فخلق ذلك نوعا من الفتنة الطائفية بين هذا وذاك, مؤكداً أن الملفات الداخلية هى مشكلة الكنيسة والبطريرك الجديد –وأن الدور السياسى للكنيسة مرفوض شكلاً وموضوعاً , لكن دور الكنيسة الوطنى بنشر السلام والوئام والسلام الإجتماعى بين المصريين جميعاً مطلوب, لكن حتى فى المشاكل فى الكنائس على البطريرك ألا يتدخل , لأن الكنائس كانت تبنى فى الماضى باسم أراخنة الكنيسة أى أن الرجل الغنى يبنى الكنيسة، ويأتى لها بالتصاريح ثم يقوم بتسليمها لأسقف المنطقة التى يتبعها وذلك ما كان يحدث عندما كانت الكنيسة لا تتدخل. المحامى ثروت بخيت محامى الكنيسة قال: إن هناك ملفات بانتظار البابا الجديد هي ملفات الاضطهاد الممنهج للمسيحيين فى مصر منذ قيام الثورة وحتى الآن واختفاء القاصرات, وتغيير لائحة 57, وكذلك تغيير لائحة انتخاب المجلس الملى العام, مشيراً إلى أن البعض يعتبر الوطنية للبابا جزء من السياسية وإذا كانت الوطنية سياسية فأهلاً بها , فالآباء وطنيون منذ ماري مرقس وحتى الآن, مؤكداً أن البابا كيرلس الرابع، والذى يلقب بأبو الإصلاح عندما جاء له سفير روسيا وقال له " إمبراطور روسيا قد أرسلنى لإبرام بروتوكول لحماية أقباط مصر" رد عليه آنذاك قائلاً " هل إمبراطوركم يموت أم لا ؟" فرد عليه السفير " يموت " فقال له البابا كيرلس " لكن الأقباط فى حماية أباهم الذى لا يموت, وإذا كانت حماية الأقباط تضر مصر فليمت الأقباط ولتحيا مصر " فوطنية البابوات إذا كانت سياسية فمرحباً بالسياسة طالما خلت من مآرب خاصة . الكاتب والسيناريست فايز غالى يقول: إن من أهم الملفات التى تنتظر البابا هو ملف المادة الثانية للدستور، والتى تثور حولها العديد من الخلافات، وهناك من يحاول ترقيعها، وهناك من يفضل أن تكون المرجعية الأزهر, وهناك من يرفض هذه المادة, والصراع حول هذه المادة يكشف عن أوضاع كثيرة, وما نريده أن يحتكم أصحاب الديانات الأخرى لشرائعهم فيما يخصهم فى كل شيء، وليس الأحوال الشخصية فقط.
