وسط زخم الأحداث التي تمر بها مصر بمؤسساتها العامة والدينية, بما فيها الكنيسة, تناسي الجميع موقف المجلس الملي الحالي , منتهي الصلاحية منذ أبريل عام 2011 ،أي قبل رحيل البابا شنودة الثالث ,وقد تعطل انتخاب بديل للمجلس الملي في ظل مرض البابا شنودة وقتها ، ومرور البلاد بالثورة . انذاك قام القائم مقام الأنبا باخوميوس بتسيير أمور الكنيسة حتي اختيار القرعة الهيكلية التي أتت بالبابا ال118 تواضروس الثاني, الذي يسعي لهيكلة البيت من الداخل حسبما جاء في تصريحاته ، ولم يتطرق الي المجلس الملي الذي من شأنه الادارة المالية وشئون المجالس الكنسية,باعتبار المجلس الملي هو حلقة الوصل بين الكنيسة والدولة في كل قضاياها. المفكر القبطي كمال زاخر - مؤسس التيار العلماني- قال ل «فيتو»: إن المجلس الملي انتهت ولايته , فالكنيسة الآن ليس بها مجلس، مشيرا الي انه تقدم بطلب لسن قانون جديد لهذا المجلس، لتعديل بعض البنود بدءاً من اسمه «الملى» الذي يعد طائفياً, ولكنه تم اختياره في ظل ظروف عصيبة, أما الآن فنحن فى دولة المواطنة, ولابد من دراسة هذا الامر ,لافتاً الي أنه مجلس ينظم بموجب القانون ، ولايستطيع أحد الحكم علي القوائم المميزة في عهد البابا الراحل , ولكن هناك تعاطيا جديدا للمشكلات. وفي السياق ذاته أشار هاني الجزيري - رئيس مركز المليون لحقوق الانسان, مؤسس حركة أقباط من اجل مصر- الي أن سبب تأخير انتخابات المجلس الملي هو مرور الكنيسة والأقباط بمحنة «نياحة» رحيل البابا شنودة الثالث ، التي قد سبقه قيام الثورة وعدم الاستقرار، ومن المتوقع أن يعدل البابا الجديد «تواضروس الثاني» في قانون المجلس الملي , حتي يمثل مختلف الاتجاهات , ولن يكون حكراً لكنائس او شخصيات بعينها ,مؤكداً علي ضرورة ضخ دماء جديدة من الكوادر الشابة والواعية بالمجلس الملي القادم . وطرح الجزيري أهم مطالب الكنيسة في الوقت الحالي , وهي استعادة الاوقاف القبطية ,والعمل علي نشر التراث المسيحي بكل ربوع مصر ، وضرورة الوصول لدرجة من التفاهم مع المجالس الاخري . وكشف مصدر مطلع بالكاتدرائية أن البابا تواضروس يبذل جهودا لاعادة بناء البيت الكنسي من الداخل , وقد بدأ ذلك بقانون الرهبنة ، وملف الاحوال الشخصية للعمل علي حل أزمة أبناء الكنيسة من رابطة 38 ،فضلاً عن قوانين لائحة انتخاب البطريرك, وكذا المنظومة التعليمية بالدراسات القبطية ، وتعديل الخريطة المعروفة للابراشيات وتوزيع الاساقفة عليها . وأكد أن البابا سوف يعلن عقب انهاء أزمة الاحوال الشخصية ووضع نصوص قانون انتخابات المجلس الملى القادم عن موعد للترشح وبدء اجراء الانتخاب, مضيفا إن البابا سيدعو إلى فتح باب الترشح للمجلس الملي ، وسوف يدعو الإبراشيات لانتخاب أعضاء المجلس، ويبلغ عددهم 24 عضوا، حسب نص القانون وفقاً للشروط المعروفة للترشح, ويتولي البابا رئاسة المجلس بموجب منصبه البطريركي .