مازالت الجامعات المصرية تشهد حالة من الصراع الداخلي في ظل الطعون التي ظهرت عقب ظهور نتائج انتخابات بعض الجامعات. ففي أسيوط تقدم عدد من أعضاء نادي هيئة تدريس جامعة أسيوط بطعون علي انتخابات قيادات جامعة أسيوط إلى محكمة القضاء الإداري للمطالبة ببطلانها حيث أكد الدكتور ثابت عبد المنعم وكيل كلية الطب البيطري وعضو لجنة الانتخابات اليوم وقال «إن النطق بالحكم السبت القادم 12 نوفمبر عقب أجازة عيد الأضحى المبارك». الدكتور ثابت قال ان الطعن يشمل المطالبة بوقف إجتماع المجمع الإنتخابي لإختيار رئيس الجامعة والمقرر الثلاثاء 15 نوفمبر بصفة عاجلة لحين الفصل في الموضوع. أعضاء نادي هيئة التدريس بجامعة أسيوط قالوا «للتحرير» أنهم تقدموا بالطعن بسبب مخالفة الانتخابات للمادة رقم 25 من قانون تنظيم الجامعات التي تتطلب لاختيار رئيس الجامعة أن يصدر قرارا من رئيس الجمهورية بناءا علي ترشيح من وزير التعليم العالي. وفي المنيا أعلنت اللجنة المشرفة علي انتخابات الرئاسة بجامعة المنيا برئاسة الدكتورة سهام عبد الرحمن عبد الله وعضوية هشام عبد المنعم عكاشة ومصطفي كامل عيسي ومحمود عباس طوسون عن الأسماء النهائية المرشحة لخوض انتخابات والذين بلغ عددهم 11مرشح والذين يستعدون لعرض برامجهم الانتخابية فيما قدم طلاب المنوفية مقترحات للائحة طلابية جديدة، فمنذ نهاية العام الدراسي الماضي قدم برلمان طلاب بجامعة المنوفية الكثير من الأفكار وعقدوا لقاءات كثيرة مع طلاب إتحاد الشباب التقدمي وإتحاد الشباب الإشتراكي المصري وطلاب حركة شباب المنوفية من أجل العدالة الإجتماعية، حيث قام البرلمان الطلابي بعرض مذكرة علي وزير التعليم ناقش فيها مساوىء اللائحة الطلابية التي وصفها بالائحة الإستبدادية.