كلّف المستشار نبيل صادق، النائب العام، نيابة أمن الدولة العليا، برئاسة المستشار خالد ضياء، المحامي العام الأول، بالانتقال والتخقيق في تفجير كنيسة مارجرجس بطنطا. وكشفت التحقيقات الأولية، أن الحادث نتيجة عبوة ناسفة تم وضعها داخل الكنيسة، فيما قام فريق من نيابة أمن الدولة بالانتقال إلى موقع الحادث ومعاينة جثث الضحايا والتصرح بدفنها عقب انتهاء عملية عرضها على الطب الشرعي كما قام فريق من النيابة العامة بالانتقال إلى المستشفيات والاستماع إلى أقوال المصابين. وكلّفت النيابة العامة، جهاز الأمن الوطني وجهات البحث المختصة، بإجراء التحريات بشأن الحادث والتوصل إلى مرتكبيه والمحرضين عليه لتحديد المسؤوليات الجنائية. ويقوم خبراء مصلحة الأدلة الجنائية وخبراء المفرقعات، بإجراء المعاينة لموقع الانفجار ورفع آثاره وفحصها وبيان دلالتها وإعداد التقرير الفني اللازم.