هاجم الإعلامي إبراهيم عيسى تواجد عدد من عناصر جماعة الإخوان المسلمين ضمن قيادات مشيخة الأزهر الشريف، منوها إلى أنه "عيب" على شيخ الأزهر أن يكون في عهده عناصر إخوانية داخل مشيخة الأزهر، فيما اعتبره تستر منه عليهم. وقال عيسى في حلقة أمس من برنامج "25\30"، المذاع عبر فضائية "أون تي في": "أنا أحمل الرئيس السيسي والشيخ أحمد الطيب شيخ الأزهر، مسئولية تطهير الأزهر من المتأخونين، وأنا أُشهد مصر كلها، وقبل مصر أُشهد الله، على الرئيس السيسي والإمام أحمد الطيب على شخصيات متأخونة إخوانية، طابور خامس، وسادس وسابع، بل ويسلمان هذه الشخصيات الأزهر، بل ويسلمان هذه الشخصيات ما يُتصور ويُزعم أنه مواجهة ومحاربة للإرهاب، وأنه في الوقت الذي تدعي وتزعم فيه الدولة أنها تحارب الإرهاب، إذا بها ترى قيادات الأزهر على هذا النحو". وأضاف الكاتب الصحفي: "شيخ الأزهر الذي يعلم القاصي والداني أنه مفكر ومستنير، يقود الأمر من تحته ومن أمامه ومن ورائه هذه المجموعة، التي لا يمكن أن تنكر المنسوب إليها، انتماءها، وقد كشفت وقلت عن الشيخ عباس شومان، وكيل الأزهر، الذي سمح شيخ الأزهر أن يكون على رأس لجنة إصلاح مناهج التعليم في الأزهر، وهو الرجل نفسه الأمين العام لمجمع البحوث، وهو الرجل نفسه الذي يلقي بيان محاربة الإرهاب في المؤتمر الذي عقده الأزهر، وهو أيضًا الرجل نفسه خطيب مرسي، والذي قال أن من حق مرسي ان يعصف بالقضاء، وأن يعزل خصومه، وهو نفس الرجل الذي نشر على صفحته على فيس بوك تأييدًا محمومًا لمحمد مرسي حتى إنه تحدث كجندي وراء هذا الرجل، ولعن معارضيه، وهو الشعب المصري". واختتم عيسى: "هذا الرجل عباس شومان ليس وحده، هناك شيئا أكثر مرارة وعلقم، أن نرى الشيخ حسن الشافعي، مدير المكتب الفني لشيخ الأزهر، وعضو هيئة كبار العلماء، مستشار شيخ الأزهر، هو ايضًا مندوب شيخ الأزهر في لجنة افخوان التي وضعت الدستور، وهو إخواني الفكر والعقل والوجدان، والذي سُجن في تنظيم 53 باتهام الاخوان في محاولة اغتيال عبد الناصر، وفي قضية سيد قطب، هذا الرجل خرج على شاشة الجزيرة فيما بعد 3 يوليو يعلن عن إخوانيته، ومستشار شيخ الأزهر".
