بالتزامن مع ردة الفعل القوية للقوي والحركات السياسية ضد تشكيل الجمعية التأسيسة لوضع الدستور، قامت العديد من المنظمات الحقوقية برفع دعاوي أمام محكمة القضاء الإداري بمجلس الدولة للطعن على تشكيل لجنة المائة. المنظمات الحقوقية ومنها مؤسسة عالم جديد للتنمية وحقوق الانسان رفضت تشكيل الجمعية التأسيسية، بسبب سيطرة التيار الديني علي عضويتها وأقصائه لأطراف فاعلة في المجتمع تمثل غالبية التيارات والقوى المجتمعية، وشباب الثورة والرموز الوطنية علي حد وصفها. وأضافت المؤسسة في بيان لها صدر لها أن حزب الحرية والعدالة وحزب النور قاما بتوزيع قائمة موحدة أثناء إنتخاب الأعضاء للسيطرة على نتائجها، لافته إلي تقدمها بدعوي قضائية أمام محكمة القضاء الادارى بمجلس الدولة للطعن على تشكيل لجنة المائة. كذلك قامت المنظمة المصرية لحقوق الإنسان برفع دعوي لوقف تنفيذ الطعن المقدم من رئيس المنظمة المصرية لحقوق الإنسان حافظ أبو سعدة. ولفتت المنظمة المصرية أن صحيفة الدعوى بينت خطورة الإنفراد بإختيار مجلس الشعب لأعضاء الجمعية التأسيسية من بين أعضاءه، وأنه لو تم ذلك فسيحدث نوع من إنفراد سلطة واحدة من السلطات الثلاثة التي تقوم عليها الدولة بعضوية هذه الجمعية التأسيسية دون غيرها من باقي السلطات، وأن هذا الإنفراد يعد بمثابة خطر حقيقي في حالة حل مجلس الشعب والشورى بسبب شبهة عدم دستورية قانون إنشائه طبقا للحكم الذي أصدرته المحكمة الإدارية العليا في الطعن رقم 6411 لسنة 58 ق بإحالة بعض مواد قانون مجلس الشعب للمحكمة الدستورية بعد أن رأت شبهة عدم الدستورية، وانفراد أغلبية من أعضاء حزب من الأحزاب المسيطرة على البرلمان بعضوية هذه الجمعية. وأضافت المنظمة أنه إن كانت المادة 60 من الإعلان الدستوري قد فوضت الأعضاء المنتخبين في مجلسي الشعب والشورى في انتخاب أعضاء الجمعية التأسيسية لوضع الدستور، فإن احترام المبادئ السالفة يقتضي انتخابهم من خارج أعضاء البرلمان بمجلسيه، تلافيا لتعارض المصالح، أو أن تمثل السلطة التشريعية بنسبة غير مؤثرة، حتى يأتي الدستور الجديد معبرا عن الشعب المصري بمختلف توجهاته. من جانبة أوضح حافظ ابو سعدة رئيس المنظمة المصرية لحقوق الإنسان أن اللجنة التأسيسية لابد ان تمثل أطياف الأمة المصرية كلها، ومن خلال الكفاءات المتاحة علي الساحة حتى تسهم في صياغة مستقبل مصر في الحقبة القادمة. ودعا أبو سعدة المواطنين والأحزاب السياسية المصرية جميعها والنقابات العمالية ومراكز البحث وحقوق الإنسان والمنظمات الديموقراطية عامة إلي التكاتف سويا والعمل المتناسق لميلاد مجتمع ديموقراطي عصري في مصر، مضيفا أنه الأمل الذي قامت وناشدته ثورة 25 يناير .
